PriFi: using a multiple alignment of related sequences to find primers for amplification of homologs.
PriFi: using a multiple alignment of related sequences to find primers for amplification of homologs.
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PRIFI：使用相关序列的多重比对来找到用于放大同源物的引物。
DOI：
10.1093/nar/gki425
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Stougaard, J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fredslund, J;Schauser, L;Madsen, LH;Sandal, N;Stougaard, J
使用比较的方法，网络程序PriFi()设计了一对对用于对先前序列信息不可用的物种的基因组DNA进行PCR扩增的引物。该程序对来自系统发育相关物种的DNA序列进行比对，并输出满足多个标准的可能简并的引物对列表，从而使这些引物在其他系统发育相关物种中扩增出同源序列的可能性最大。PriFi在全基因组范围内运行，自动化了开发通用标记作为跨物种共同锚定基因座的程序的第一步。为了适应具有特殊首选项的用户，可以自定义配置设置和条件。
Using a comparative approach, the web program PriFi () designs pairs of primers useful for PCR amplification of genomic DNA in species where prior sequence information is not available. The program works with an alignment of DNA sequences from phylogenetically related species and outputs a list of possibly degenerate primer pairs fulfilling a number of criteria, such that the primers have a maximal probability of amplifying orthologous sequences in other phylogenetically related species. Operating on a genome-wide scale, PriFi automates the first steps of a procedure for developing general markers serving as common anchor loci across species. To accommodate users with special preferences, configuration settings and criteria can be customized.
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影响因子：
30.8
作者：
Lyons, LA;Laughlin, TF;OBrien, SJ
通讯作者：
OBrien, SJ
DOI：
10.1073/pnas.0402251101
发表时间：
2004-10-26
影响因子：
11.1
作者：
Choi, HK;Mun, JH;Cook, DR
通讯作者：
Cook, DR
影响因子：
5.8
作者：
van Baren, MJ;Heutink, P
通讯作者：
Heutink, P
影响因子：
5.8
作者：
Pertea, G;Huang, XQ;Quackenbush, J
通讯作者：
Quackenbush, J
影响因子：
14.9
作者：
Haas, S;Vingron, M;Wiemann, S
通讯作者：
Wiemann, S