The future of whole-cell modeling.
The future of whole-cell modeling.
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DOI：
10.1016/j.copbio.2014.01.012
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发表时间：
2014-08
影响因子：
7.7
通讯作者：
Covert, Markus W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Macklin, Derek N.;Ruggero, Nicholas A.;Covert, Markus W.
一旦某些障碍被克服，集成的全细胞建模将对分子和系统生物学、生物工程和医学产生巨大影响。根据我们小组建立生殖支原体全细胞模型的经验，我们确定了建立更复杂细胞模型的几个重大挑战。在这里，我们从七个方面回顾和讨论这些挑战：（1）实验询问，（2）数据管理，（3）模型构建和集成，（4）加速计算，（5）分析和可视化，（6）模型验证，以及（7）协作和社区开发。克服这些挑战将需要跨学科研究人员的合作，以创建越来越复杂的全细胞模型，并使数据，模型和模拟更容易为更广泛的社区所用。
Integrated whole-cell modeling is poised to make a dramatic impact on molecular and systems biology, bioengineering, and medicine — once certain obstacles are overcome. From our group’s experience building a whole-cell model of Mycoplasma genitalium, we identified several significant challenges to building models of more complex cells. Here we review and discuss these challenges in seven areas: (1) experimental interrogation, (2) data curation, (3) model building and integration, (4) accelerated computation, (5) analysis and visualization, (6) model validation, and (7) collaboration and community development. Surmounting these challenges will require the cooperation of an interdisciplinary group of researchers to create increasingly sophisticated whole-cell models and make data, models, and simulations more accessible to the wider community.
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--
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