Low-input and multiplexed microfluidic assay reveals epigenomic variation across cerebellum and prefrontal cortex.
Low-input and multiplexed microfluidic assay reveals epigenomic variation across cerebellum and prefrontal cortex.
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DOI：
10.1126/sciadv.aar8187
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发表时间：
2018-04
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Lu C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma S;Hsieh YP;Ma J;Lu C
发展了一种微流控技术，并用于探测前额叶皮质和小脑的表观基因组差异。正在进行广泛的努力，以调查初级体外组织的表观基因组图景，建立正常的参考数据，并辨别与疾病相关的变异。某些组织类型的丰度较低，以及产生同质细胞群所需的分离程序通常会产生少量用于检查的细胞。由于需要描述无数的表观遗传标记，这一困难进一步加剧。因此，需要既允许超低输入又允许高吞吐量的技术。我们展示了一种简单的微流控技术，SurfaceChIP-seq，用于分析全基因组组蛋白修饰，每次分析只需30到100个细胞，最多并行运行8个分析。我们应用这项技术，使用从小鼠大脑的前额叶皮质和小脑分离的核来描述表观基因组。我们的特定细胞类型的数据显示，神经元和神经胶质部分在两个功能不同的大脑区域显示出深刻的表观基因组差异。
A microfluidic technology was developed and used to probe epigenomic differences between prefrontal cortex and cerebellum. Extensive effort is under way to survey the epigenomic landscape of primary ex vivo tissues to establish normal reference data and to discern variation associated with disease. The low abundance of some tissue types and the isolation procedure required to generate a homogenous cell population often yield a small quantity of cells for examination. This difficulty is further compounded by the need to profile a myriad of epigenetic marks. Thus, technologies that permit both ultralow input and high throughput are desired. We demonstrate a simple microfluidic technology, SurfaceChIP-seq, for profiling genome-wide histone modifications using as few as 30 to 100 cells per assay and with up to eight assays running in parallel. We applied the technology to profile epigenomes using nuclei isolated from prefrontal cortex and cerebellum of mouse brain. Our cell type–specific data revealed that neuronal and glial fractions exhibited profound epigenomic differences across the two functionally distinct brain regions.
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影响因子：
3.7
作者：
Shen L;Shao NY;Liu X;Maze I;Feng J;Nestler EJ
通讯作者：
Nestler EJ
DOI：
10.1126/science.aad7701
发表时间：
2016-05-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Shema E;Jones D;Shoresh N;Donohue L;Ram O;Bernstein BE
通讯作者：
Bernstein BE
影响因子：
48
作者：
Cao Z;Chen C;He B;Tan K;Lu C
通讯作者：
Lu C
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
DOI：
10.1126/science.1256271
发表时间：
2014-08-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Lara-Astiaso D;Weiner A;Lorenzo-Vivas E;Zaretsky I;Jaitin DA;David E;Keren-Shaul H;Mildner A;Winter D;Jung S;Friedman N;Amit I
通讯作者：
Amit I