An energy model for recognizing the prokaryotic promoters based on molecular structure.
An energy model for recognizing the prokaryotic promoters based on molecular structure.
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基于分子结构识别原核启动子的能量模型。
DOI：
10.1016/j.ygeno.2019.12.001
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发表时间：
2019-12
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Li Qian-Zhong
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen Ying-Li;Guo Dong-Hua;Li Qian-Zhong
启动子是DNA序列的重要功能元件，负责基因转录的起始。认识启动子对于理解相对生命现象有重要帮助。基于启动子主要由其序列和结构决定的概念，提出了一种预测大肠杆菌K-12启动子的新统计物理模型。三个基准启动子序列数据集中序列片段的DNA局部结构的总能量（唯一的预测参数）是利用统计物理学和信息论的原理计算的。获得了更好的结果。并在http://202.207.14.87:8032/bioinformation/PhysMPrePro/index.asp建立了用于预测启动子的网络服务器PhysMPrePro，以便其他科学家可以轻松地通过我们的网络服务器获得他们想要的结果。
Promoter is an important functional elements of DNA sequences, which is in charge of gene transcription initiation. Recognizing promoter have important help for understanding the relative life phenomena. Based on the concept that promoter is mainly determined by its sequence and structure, a novel statistical physics model for predicting promoter inEscherichia coliK-12 is proposed. The total energies of DNA local structure of sequence segments in the three benchmark promoter sequence datasets, the sole prediction parameter, are calculated by using principles from statistical physics and information theory. The better results are obtained. And a web-server PhysMPrePro for predicting promoter is established at http://202.207.14.87:8032/bioinformation/PhysMPrePro/index.asp, so that other scientists can easily get their desired results by our web-server.
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