Measuring similarities between transcription factor binding sites.
Measuring similarities between transcription factor binding sites.
复制标题
DOI：
10.1186/1471-2105-6-237
复制
发表时间：
2005-09-28
影响因子：
3
通讯作者：
Herzel H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kielbasa SM;Gonze D;Herzel H
转录因子结合谱的收集（Transfac，Jaspar）对于鉴定DNA序列中的调控元件是必不可少的。高度相似的谱的子集使转录因子结合位点的大规模分析复杂化。我们建议使用两个独立的相似性度量来识别和分组相似的配置文件：位置频率矩阵（PFMs）之间的χ2距离和位置权重矩阵（PWMs）得分之间的相关系数。我们表明，这些措施相辅相成，并允许关联Jaspar和Transfac矩阵。高度相似的矩阵的集群被识别，并可用于优化搜索的监管元件。此外，应用程序的措施说明分配E盒矩阵的SELEX实验和实验特征的生物钟基因的Myc-最大集群的结合位点。
Collections of transcription factor binding profiles (Transfac, Jaspar) are essential to identify regulatory elements in DNA sequences. Subsets of highly similar profiles complicate large scale analysis of transcription factor binding sites. We propose to identify and group similar profiles using two independent similarity measures: χ2 distances between position frequency matrices (PFMs) and correlation coefficients between position weight matrices (PWMs) scores. We show that these measures complement each other and allow to associate Jaspar and Transfac matrices. Clusters of highly similar matrices are identified and can be used to optimise the search for regulatory elements. Moreover, the application of the measures is illustrated by assigning E-box matrices of a SELEX experiment and of experimentally characterised binding sites of circadian clock genes to the Myc-Max cluster.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Kielbasa SM;Gonze D;Herzel H
通讯作者：
Herzel H
DOI：
10.1016/s0169-328x(00)00160-1
发表时间：
2000-09-30
期刊：
MOLECULAR BRAIN RESEARCH
影响因子：
--
作者：
Chen, W;Baler, R
通讯作者：
Baler, R
影响因子：
56.9
作者：
Matsuo, T;Yamaguchi, S;Okamura, H
通讯作者：
Okamura, H
影响因子：
30.8
作者：
Bussemaker, HJ;Li, H;Siggia, ED
通讯作者：
Siggia, ED
影响因子：
56.9
作者：
Darlington, TK;Wager-Smith, K;Kay, SA
通讯作者：
Kay, SA