Bridging HIV-1 cellular latency and clinical long-term non-progressor: an interactomic view.
Bridging HIV-1 cellular latency and clinical long-term non-progressor: an interactomic view.
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弥合 HIV-1 细胞潜伏期和临床长期无进展者：原子间相互作用的观点
DOI：
10.1371/journal.pone.0055791
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wu N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang J;Yang Z;Lv H;Lou Y;Wang J;Wu N
开发有效的HIV管理是由长期非进展者（LTNP）自发地限制病毒复制，但受到HIV-1潜伏期的阻碍这一事实所吸引的。鉴于HIV-1 LTNP和潜伏期之间存在最多的重叠特征，对差异的详细分析将揭示潜伏期的本质。在这项研究中，从我们以前的研究的微阵列数据与HIV-1潜伏期和LTNP数据从NCBI GEO数据库获得相结合。主方差分量分析和层次聚类验证了跨平台批次效应的消除。结果表明，共发现456个差异表达基因，其差异值大于2倍，B统计量大于0。贝叶斯推理被用来重建HIV-1潜伏期或LTNP的转录网络，分别。在不同的疾病条件下，基因调控被重新编程。通过网络干扰，KPNA 2和ATP 5G 3被确定为潜伏网络中的枢纽，介导核输出和RNA加工。这些数据提供了对HIV-1潜伏期的比较见解，这将有助于了解HIV-1体内潜伏期的遗传基础，并为未来处理HIV-1潜伏期关键目标的治疗提供线索。
Development of an effective HIV management is enticed by the fact that long-term non-progressors (LTNP) restrict viral replication spontaneously, but is hindered by HIV-1 latency. Given that the most overlapping characteristics found between HIV-1 LTNP and latency, detailed analysis of the difference would disclose the essentials of latency. In this study, microarray data from our previous study was combined with HIV-1 latency and LTNP data obtained from NCBI GEO database. Principal variance component analysis and hierarchical clustering verified the removal of batch effect across platform. The analysis revealed a total of 456 differential expressed genes with >2-fold change and B-statistic >0. Bayesian inference was used to reconstitute the transcriptional network of HIV-1 latency or LTNP, respectively. Gene regulation was reprogrammed under different disease condition. By network interference, KPNA2 and ATP5G3 were identified as the hubs in latency network which mediate nuclear export and RNA processing. These data offer comparative insights into HIV-1 latency, which will facilitate the understanding of the genetic basis of HIV-1 latency in vivo and serve as a clue for future treatment dealing with key targets in HIV-1 latency.
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影响因子：
14.9
作者：
Lund N;Milev MP;Wong R;Sanmuganantham T;Woolaway K;Chabot B;Abou Elela S;Mouland AJ;Cochrane A
通讯作者：
Cochrane A
来自毒理基因组学研究基因基因表达水平的变化来源研究动物跨多个实验室。
影响因子：
4.4
作者：
Boedigheimer MJ;Wolfinger RD;Bass MB;Bushel PR;Chou JW;Cooper M;Corton JC;Fostel J;Hester S;Lee JS;Liu F;Liu J;Qian HR;Quackenbush J;Pettit S;Thompson KL
通讯作者：
Thompson KL
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp101
发表时间：
2009-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Bindea G;Mlecnik B;Hackl H;Charoentong P;Tosolini M;Kirilovsky A;Fridman WH;Pagès F;Trajanoski Z;Galon J
通讯作者：
Galon J
影响因子：
5.4
作者：
Hyrcza, Martin D.;Kovacs, Colin;Der, Sandy D.
通讯作者：
Der, Sandy D.
HIV复制中的宿主细胞因素：全基因组研究的荟萃分析。
影响因子：
6.7
作者：
Bushman FD;Malani N;Fernandes J;D'Orso I;Cagney G;Diamond TL;Zhou H;Hazuda DJ;Espeseth AS;König R;Bandyopadhyay S;Ideker T;Goff SP;Krogan NJ;Frankel AD;Young JA;Chanda SK
通讯作者：
Chanda SK