The transcription unit architecture of the Escherichia coli genome.
The transcription unit architecture of the Escherichia coli genome.
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DOI：
10.1038/nbt.1582
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发表时间：
2009-11
影响因子：
46.9
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cho, Byung-Kwan;Zengler, Karsten;Qiu, Yu;Park, Young Seoub;Knight, Eric M.;Barrett, Christian L.;Gao, Yuan;Palsson, Bernhard O.
细菌基因组是根据结构和功能成分来组织的。这些组件包括启动子，转录开始和终止位点，开放阅读框架，调节性非编码区域，未翻译区域和转录单元，共同构成了基因组功能组织。在这里，我们使用一种系统方法，该方法在基因组尺度上迭代整合了多个高通量测量值，以识别大肠杆菌K-12 MG1655基因组的组织结构。组织组件的集成提供实验注释的转录单元（TU）体系结构，包括替代转录起始站点，启动子结构，边界和开放式阅读框架。总共确定了4,661个TU，比当前知识的增加> 530％。这种全面的TU结构允许在基因组规模上阐明条件特定的Sigma因子的特定用途。此外，TU架构为基因组规模转录和转化调节网络提供了基础。
Bacterial genomes are organized in terms of structural and functional components. These components include promoters, transcription start and termination sites, open reading frames, regulatory non-coding regions, untranslated regions and transcription units, that together comprise the functional organization of a genome. Here, we use a systems approach that iteratively integrates multiple high-throughput measurements at a genome-scale to identify the organizational structure of the Escherichia coli K-12 MG1655 genome. Integration of the organizational components provides experimentally annotated transcription unit (TU) architecture, including alternative transcription start sites, promoter structures, boundaries and open reading frames. A total of 4,661 TUs were identified, representing an increase of > 530% over current knowledge. This comprehensive TU architecture allows for the elucidation of condition-specific uses of alternative sigma factors at the genome-scale. Furthermore, the TU architecture provides a foundation on which genome-scale transcriptional and translational regulatory networks are based.
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DOI：
10.1038/nrmicro1949
发表时间：
2009-02
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
7
作者：
Bieda, M;Xu, XQ;Farnham, PJ
通讯作者：
Farnham, PJ
影响因子：
56.9
作者：
FLEISCHMANN, RD;ADAMS, MD;VENTER, JC
通讯作者：
VENTER, JC
DOI：
10.1073/pnas.0807227105
发表时间：
2008-12-09
影响因子：
11.1
作者：
Cho, Byung-Kwan;Barrett, Christian L.;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
影响因子：
64.8
作者：
CRICK, F
通讯作者：
CRICK, F