Comprehensive transcriptome analyses reveal tomato plant responses to tobacco rattle virus-based gene silencing vectors.
Comprehensive transcriptome analyses reveal tomato plant responses to tobacco rattle virus-based gene silencing vectors.
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全面的转录组分析表明，番茄植物对基于烟草病毒的基因沉默载体的反应。
DOI：
10.1038/s41598-017-10143-1
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发表时间：
2017-08-29
影响因子：
4.6
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng Y;Ding B;Fei Z;Wang Y
在植物中，病毒诱导的基因沉默（VIGS）是功能基因组研究或快速评估单个基因功能的常用工具。然而，关于植物对病毒载体的反应的分子细节仍然难以捉摸，这可能使实验设计和数据解释复杂化。为此，我们记录了番茄的全转录组变化引起的应用最广泛使用的烟草脆裂病毒（TRV）为基础的载体，使用全面的全基因组分析。我们的数据说明了多种生物学过程与功能的影响，包括（1）增强的活性miR 167在指导切割生长素反应因子;（2）减少积累的阶段性二级小干扰RNA从两个基因组位点;（3）改变表达的约500蛋白编码转录本;（4）20长的非编码RNA特异性响应TRV载体。重要的是，我们揭示了mRNA选择性剪接模式的大规模变化。这些观察结果将促进VIGS载体在功能研究中的未来应用，使植物研究界受益，并有助于加深对植物-病毒相互作用的理解。
In plants, virus-induced gene silencing (VIGS) is a popular tool for functional genomic studies or rapidly assessing individual gene functions. However, molecular details regarding plant responses to viral vectors remain elusive, which may complicate experimental designs and data interpretation. To this end, we documented whole transcriptome changes of tomato elicited by the application of the most widely used tobacco rattle virus (TRV)-based vectors, using comprehensive genome-wide analyses. Our data illustrated multiple biological processes with functional implications, including (1) the enhanced activity of miR167 in guiding the cleavage of an auxin response factor; (2) reduced accumulation of phased secondary small interfering RNAs from two genomic loci; (3) altered expression of ~500 protein-coding transcripts; and (4) twenty long noncoding RNAs specifically responsive to TRV vectors. Importantly, we unraveled large-scale changes in mRNA alternative splicing patterns. These observations will facilitate future application of VIGS vectors for functional studies benefiting the plant research community and help deepen the understanding of plant-virus interactions.
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影响因子：
7.2
作者：
Brigneti, G;Martín-Hernández, AM;Jones, JDG
通讯作者：
Jones, JDG
影响因子：
7.4
作者：
Burch-Smith, Tessa M.;Schiff, Michael;Dinesh-Kumar, S. P.
通讯作者：
Dinesh-Kumar, S. P.
影响因子：
5.8
作者：
Addo-Quaye, Charles;Miller, Webb;Axtell, Michael J.
通讯作者：
Axtell, Michael J.
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL
影响因子：
16
作者：
Jones-Rhoades, MW;Bartel, DP
通讯作者：
Bartel, DP