The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dynamic regulation.
The FANTOM web resource: from mammalian transcriptional landscape to its dynamic regulation.
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DOI：
10.1186/gb-2009-10-4-r40
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Daub CO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kawaji H;Severin J;Lizio M;Waterhouse A;Katayama S;Irvine KM;Hume DA;Forrest AR;Suzuki H;Carninci P;Hayashizaki Y;Daub CO
FANTOM4合作研究项目收集的基因组尺度数据作为一个集成的网络资源呈现。在国际合作研究项目FANTOM4中，我们收集了广泛的基因组尺度数据，包括沿人类THP-1细胞系分化时间过程和52个系统siRNA扰动下的2400万个mRNA 5'-reads （CAGE标签）和微阵列表达谱。此外，从ChIP-chip获得的染色质状态数据阐明了转录调控相互作用。在这里，我们将这些数据作为一个综合的网络资源呈现给研究社区。
The genome-scale data collected by the FANTOM4 collaborative research project are presented as an integrated web resource. In FANTOM4, an international collaborative research project, we collected a wide range of genome-scale data, including 24 million mRNA 5'-reads (CAGE tags) and microarray expression profiles along a differentiation time course of the human THP-1 cell line and under 52 systematic siRNA perturbations. In addition, data regarding chromatin status derived from ChIP-chip to elucidate the transcriptional regulatory interactions are included. Here we present these data to the research community as an integrated web resource.
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
7
作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S
影响因子：
3
作者：
Mar JC;Kimura Y;Schroder K;Irvine KM;Hayashizaki Y;Suzuki H;Hume D;Quackenbush J
通讯作者：
Quackenbush J
影响因子：
14.9
作者：
Thomas DJ;Rosenbloom KR;Clawson H;Hinrichs AS;Trumbower H;Raney BJ;Karolchik D;Barber GP;Harte RA;Hillman-Jackson J;Kuhn RM;Rhead BL;Smith KE;Thakkapallayil A;Zweig AS;ENCODE Project Consortium;Haussler D;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ
影响因子：
56.9
作者：
Katayama, S;Tomaru, Y;Wahlestedt, C
通讯作者：
Wahlestedt, C