The ENCODE Project at UC Santa Cruz.
The ENCODE Project at UC Santa Cruz.
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DOI：
10.1093/nar/gkl1017
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kent WJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thomas DJ;Rosenbloom KR;Clawson H;Hinrichs AS;Trumbower H;Raney BJ;Karolchik D;Barber GP;Harte RA;Hillman-Jackson J;Kuhn RM;Rhead BL;Smith KE;Thakkapallayil A;Zweig AS;ENCODE Project Consortium;Haussler D;Kent WJ
DNA元件百科全书（Encyclopedia Of DNA Elements，ENCODE）计划的目标是识别人类基因组中的所有功能元件。试验阶段是对现有方法进行比较，并开发新方法，以严格分析定义的1%的人类基因组序列。实验数据集集中在复制起点，DNase I超敏反应，染色质免疫沉淀，启动子功能，基因结构，假基因，非蛋白质编码RNA，转录RNA，多序列比对和进化约束元素。UCSC网站（）上的ENCODE项目是作为ENCODE项目一部分产生的基于序列的数据的主要门户。在该项目的试验阶段，30多个实验室提供了由385个数据库表支持的总共56个浏览器轨道的实验结果。该网站为研究人员提供了许多工具，使他们能够可视化和分析数据，以及下载数据进行本地分析。本文介绍了数据的门户网站，突出了已提供的数据，并介绍了已在ENCODE项目内开发的工具。通过补充示例说明了对数据的访问和可能的交互式分析类型。
The goal of the Encyclopedia Of DNA Elements (ENCODE) Project is to identify all functional elements in the human genome. The pilot phase is for comparison of existing methods and for the development of new methods to rigorously analyze a defined 1% of the human genome sequence. Experimental datasets are focused on the origin of replication, DNase I hypersensitivity, chromatin immunoprecipitation, promoter function, gene structure, pseudogenes, non-protein-coding RNAs, transcribed RNAs, multiple sequence alignment and evolutionarily constrained elements. The ENCODE project at UCSC website () is the primary portal for the sequence-based data produced as part of the ENCODE project. In the pilot phase of the project, over 30 labs provided experimental results for a total of 56 browser tracks supported by 385 database tables. The site provides researchers with a number of tools that allow them to visualize and analyze the data as well as download data for local analyses. This paper describes the portal to the data, highlights the data that has been made available, and presents the tools that have been developed within the ENCODE project. Access to the data and types of interactive analysis that are possible are illustrated through supplemental examples.
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