Antibody-free profiling of transcription factor occupancy during early embryogenesis by FitCUT&RUN.
Antibody-free profiling of transcription factor occupancy during early embryogenesis by FitCUT&RUN.
复制标题
DOI：
10.1101/gr.275837.121
复制
发表时间：
2022-03
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Zhang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang X;Wang W;Wang Y;Chen J;Liu G;Zhang Y
关键转录因子（TF）在早期胚胎发育过程中合子基因组激活（ZGA）中起着关键作用，但由于细胞数量的限制或缺乏高质量的抗体，在ZGA过程中只有少数转录因子在全基因组范围内占据优势。在这里，我们提出了FitCUT&RUN，一种改进的CUT&RUN方法，其中免疫球蛋白G的Fc片段用于标记，以无抗体的方式分析TF占用率，并使用少至5000个K562细胞证明其可靠性和鲁棒性。我们将FitCUT&RUN应用于正在进行胚胎发生的斑马鱼，以生成斑马鱼ZGA的三种已知激活剂的可靠占用曲线：Nanog，Pou5f3和Sox19b。通过分析斑马鱼ZGA期间Nanog的时间序列占用率，我们观察到Nanog占用率逐渐增加的明显趋势，并发现在ZGA的主要阶段之前Nanog占用率对于一些早期转录基因的激活是重要的。
Key transcription factors (TFs) play critical roles in zygotic genome activation (ZGA) during early embryogenesis, whereas genome-wide occupancies of only a few factors have been profiled during ZGA due to the limitation of cell numbers or the lack of high-quality antibodies. Here, we present FitCUT&RUN, a modified CUT&RUN method, in which an Fc fragment of immunoglobulin G is used for tagging, to profile TF occupancy in an antibody-free manner and demonstrate its reliability and robustness using as few as 5000 K562 cells. We applied FitCUT&RUN to zebrafish undergoing embryogenesis to generate reliable occupancy profiles of three known activators of zebrafish ZGA: Nanog, Pou5f3, and Sox19b. By profiling the time-series occupancy of Nanog during zebrafish ZGA, we observed a clear trend toward a gradual increase in Nanog occupancy and found that Nanog occupancy prior to the major phase of ZGA is important for the activation of some early transcribed genes.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
56.9
作者：
Leichsenring, Manuel;Maes, Julia;Onichtchouk, Daria
通讯作者：
Onichtchouk, Daria
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
7
作者：
Koenecke, Nina;Johnston, Jeff;Zeitlinger, Julia
通讯作者：
Zeitlinger, Julia
影响因子：
1.2
作者：
Grunberg, Sebastian;Zentner, Gabriel E.
通讯作者：
Zentner, Gabriel E.