Conserved expression of natural antisense transcripts in mammals.
Conserved expression of natural antisense transcripts in mammals.
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DOI：
10.1186/1471-2164-14-243
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发表时间：
2013-04-12
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Ge SX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ling MH;Ban Y;Wen H;Wang SM;Ge SX
最近的研究发现，天然反义转录物来源于蛋白质编码基因的相同基因组位点，但来自相反的链。目前还不清楚大多数反义转录物是功能性的还是仅仅是转录噪音。使用的Affytek外显子阵列与修改后的cDNA合成协议，使全基因组检测反义转录，我们进行了大规模的表达分析的反义转录本在9个相应的组织从人类，小鼠和大鼠。我们检测到数以千计的反义转录本，其中一些显示组织特异性表达，可以对其在相应组织/器官中的潜在功能进行进一步研究。许多反义转录本的表达模式在物种间是保守的，这表明对这些转录本的选择性压力。当与蛋白质编码基因相比时，反义转录物显示出较低程度的表达保守性。我们还发现组织中有义和反义表达之间存在正相关性。我们的研究结果表明，自然反义转录受到选择压力，但在较小的程度上相比，在哺乳动物中的正义转录。
Recent studies had found thousands of natural antisense transcripts originating from the same genomic loci of protein coding genes but from the opposite strand. It is unclear whether the majority of antisense transcripts are functional or merely transcriptional noise. Using the Affymetrix Exon array with a modified cDNA synthesis protocol that enables genome-wide detection of antisense transcription, we conducted large-scale expression analysis of antisense transcripts in nine corresponding tissues from human, mouse and rat. We detected thousands of antisense transcripts, some of which show tissue-specific expression that could be subjected to further study for their potential function in the corresponding tissues/organs. The expression patterns of many antisense transcripts are conserved across species, suggesting selective pressure on these transcripts. When compared to protein-coding genes, antisense transcripts show a lesser degree of expression conservation. We also found a positive correlation between the sense and antisense expression across tissues. Our results suggest that natural antisense transcripts are subjected to selective pressure but to a lesser degree compared to sense transcripts in mammals.
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影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
影响因子：
4.4
作者：
Grigoriadis A;Oliver GR;Tanney A;Kendrick H;Smalley MJ;Jat P;Neville AM
通讯作者：
Neville AM
影响因子：
4.8
作者：
Michael, Daryn R.;Phillips, Aled O.;Bowen, Timothy
通讯作者：
Bowen, Timothy
影响因子：
3
作者：
Alibés A;Yankilevich P;Cañada A;Díaz-Uriarte R
通讯作者：
Díaz-Uriarte R
DOI：
10.1101/sqb.1993.058.01.025
发表时间：
1993-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
KAMAKAKA, RT;KADONAGA, JT
通讯作者：
KADONAGA, JT