Detecting inversions with PCA in the presence of population structure.
Detecting inversions with PCA in the presence of population structure.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0240429
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Emrich SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nowling RJ;Manke KR;Emrich SJ
染色体倒位可以导致昆虫的生殖隔离和适应，如黑腹果蝇和非模式疟疾媒介冈比亚按蚊。可以使用单核苷酸多态性（SNP）的主成分分析（PCA）来检测和表征倒位。为了帮助开发这种方法，我们从三个公开的昆虫数据中形成了一个新的基准。然后，我们使用该基准测试对我们的反演分析软件（Asaph）进行了扩展验证。通过这个过程，我们确定并表征了几个容易误解的有问题的测试用例，这些测试用例可以帮助指导基于PCA的反演检测。最后，对150个An的2R染色体臂进行了重新分析。gambiae和coluzzii样本，并观察到两个倒位（2Rc和2Rd），这是以前已知的，但没有在这些特定的个人注释。由此产生的基准数据集和方法将是有用的，未来的反演检测的基础上，单核苷酸多态性数据。
Chromosomal inversions can lead to reproductive isolation and adaptation in insects such as Drosophila melanogaster and the non-model malaria vector Anopheles gambiae. Inversions can be detected and characterized using principal component analysis (PCA) of single nucleotide polymorphisms (SNPs). To aid in developing such methods, we formed a new benchmark derived from three publicly-available insect data. We then used this benchmark to perform an extended validation of our software for inversion analysis (Asaph). Through that process, we identified and characterized several problematic test cases liable to misinterpretation that can help guide PCA-based inversion detection. Lastly, we re-analyzed the 2R chromosome arm of 150 An. gambiae and coluzzii samples and observed two inversions (2Rc and 2Rd) that were previously known but not annotated in these particular individuals. The resulting benchmark data set and methods will be useful for future inversion detection based solely on SNP data.
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影响因子：
3.8
作者：
Berg PR;Star B;Pampoulie C;Bradbury IR;Bentzen P;Hutchings JA;Jentoft S;Jakobsen KS
通讯作者：
Jakobsen KS
影响因子：
9.2
作者：
Chang CC;Chow CC;Tellier LC;Vattikuti S;Purcell SM;Lee JJ
通讯作者：
Lee JJ
影响因子：
3.9
作者：
Deng, Libin;Zhang, Yuezheng;Zeng, Changqing
通讯作者：
Zeng, Changqing
DOI：
10.1111/evo.13176
发表时间：
2017-03
期刊：
Evolution; international journal of organic evolution
影响因子：
--
作者：
Ayala D;Acevedo P;Pombi M;Dia I;Boccolini D;Costantini C;Simard F;Fontenille D
通讯作者：
Fontenille D
DOI：
10.1126/science.1258524
发表时间：
2015-01-02
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Fontaine MC;Pease JB;Steele A;Waterhouse RM;Neafsey DE;Sharakhov IV;Jiang X;Hall AB;Catteruccia F;Kakani E;Mitchell SN;Wu YC;Smith HA;Love RR;Lawniczak MK;Slotman MA;Emrich SJ;Hahn MW;Besansky NJ
通讯作者：
Besansky NJ