DupliPHY-Web: a web server for DupliPHY and DupliPHY-ML.
DupliPHY-Web: a web server for DupliPHY and DupliPHY-ML.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu645
复制
发表时间：
2015-02-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lovell SC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ames RM;Lovell SC
摘要：基因复制和丢失是基因家族进化的重要过程。此外，通过复制和保留来增长家庭是生物体获得新功能的重要机制。因此，能够推断家庭的进化史是理解功能进化的重要一步。我们最近开发了DupliPHY，这是一个使用简约性和最大似然性来推断基因家族史的软件工具。在这里，我们介绍了DupliPHY-Web用于DupliPHY的Web服务器，它实现了额外的最大似然功能，并为用户提供了运行DupliPHY的直观界面。可获得性和实施：DupliPHY-Web可在www.Bioinf.manchester.ac.uk/Dupliphy/Contact：ryan.ames@manchester.ac.uk上获得补充信息：补充数据可在BioInformation Online上获得。
Summary: Gene duplication and loss are important processes in the evolution of gene families. Moreover, growth of families by duplication and retention is an important mechanism by which organisms gain new functions. Therefore the ability to infer the evolutionary histories of families is an important step in understanding the evolution of function. We have recently developed DupliPHY, a software tool to infer gene family histories using parsimony and maximum likelihood. Here, we present DupliPHY-Web a web server for DupliPHY that implements additional maximum likelihood functionality and provides users an intuitive interface to run DupliPHY. Availability and implementation: DupliPHY-Web is available at www.bioinf.manchester.ac.uk/dupliphy/ Contact: ryan.ames@manchester.ac.uk Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.5
作者：
Hahn MW;Han MV;Han SG
通讯作者：
Han SG
影响因子：
5.8
作者：
Larget, Bret R.;Kotha, Satish K.;Ane, Cecile
通讯作者：
Ane, Cecile
影响因子：
30.8
作者：
McLysaght, A;Hokamp, K;Wolfe, KH
通讯作者：
Wolfe, KH
影响因子：
5.8
作者：
Ames, Ryan M.;Money, Daniel;Lovell, Simon C.
通讯作者：
Lovell, Simon C.
影响因子：
56.9
作者：
Lynch, M;Conery, JS
通讯作者：
Conery, JS