An efficient algorithm for pairwise local alignment of protein interaction networks
An efficient algorithm for pairwise local alignment of protein interaction networks
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蛋白质相互作用网络成对局部比对的有效算法
DOI：
10.1142/s0219720015500031
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发表时间：
2015-04
影响因子：
1
通讯作者：
Shaohong Zhang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Matthew Schmidt;Wenhong Tian;Wenhong Tian;Shaohong Zhang
最近，研究人员试图了解，修改和创造生物体中的有益性状，寻找蛋白质相互作用的进化保守模式。它们的保守性可能意味着这些保守功能模块的蛋白质对性状的表达很重要。在本文中，我们制定的问题，确定这些保守的模式作为一个图优化问题，并开发了一个快速的启发式算法。我们将我们的网络比对算法的性能与MaWISh算法的性能进行比较[Koyutürk M，Kim Y，Topkara U，Subramaniam S，Szpankowski W，Grama A，Pairwise alignment of protein interaction networks，J Comput Biol 13（2）：182-199，2006.]，其将其搜索算法基于相关的决策问题公式化。我们发现，我们的算法发现保守的模块与大量的蛋白质在一个数量级更少的时间。通过我们的算法发现的蛋白质组对应于已知的保守功能模块，其精确度和召回率与MaWISh算法产生的蛋白质组相当。
Recently, researchers seeking to understand, modify, and create beneficial traits in organisms have looked for evolutionarily conserved patterns of protein interactions. Their conservation likely means that the proteins of these conserved functional modules are important to the trait's expression. In this paper, we formulate the problem of identifying these conserved patterns as a graph optimization problem, and develop a fast heuristic algorithm for this problem. We compare the performance of our network alignment algorithm to that of the MaWISh algorithm [Koyutürk M, Kim Y, Topkara U, Subramaniam S, Szpankowski W, Grama A, Pairwise alignment of protein interaction networks, J Comput Biol13(2):182-199, 2006.], which bases its search algorithm on a related decision problem formulation. We find that our algorithm discovers conserved modules with a larger number of proteins in an order of magnitude less time. The protein sets found by our algorithm correspond to known conserved functional modules at comparable precision and recall rates as those produced by the MaWISh algorithm.
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影响因子：
64.8
作者：
Hartwell, LH;Hopfield, JJ;Murray, AW
通讯作者：
Murray, AW
DOI：
--
发表时间：
2006
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Xenarios, I;Salwínski, L;Eisenberg, D
通讯作者：
Eisenberg, D
影响因子：
2.9
作者：
Pereira-Leal, JB;Enright, AJ;Ouzounis, CA
通讯作者：
Ouzounis, CA
DOI：
10.1515/iupac.90.0375
发表时间：
2019-03
期刊：
IUPAC Standards Online
影响因子：
--
作者：
J. Labuda;R. Bowater;M. Fojta;G. Gauglitz;Z. Glatz;I. Hapala;J. Havliš;F. Kilár;Anikó Kilár;Lenka Malinovská;Heli M. M. Sirén-Heli-M.-M.-Sirén-2136896047;P. Skládal;F. Torta;M. Valachovič;M. Wimmerová;Z. Zdráhal;D. B. Hibbert
通讯作者：
J. Labuda;R. Bowater;M. Fojta;G. Gauglitz;Z. Glatz;I. Hapala;J. Havliš;F. Kilár;Anikó Kilár;Lenka Malinovská;Heli M. M. Sirén-Heli-M.-M.-Sirén-2136896047;P. Skládal;F. Torta;M. Valachovič;M. Wimmerová;Z. Zdráhal;D. B. Hibbert