A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches.
A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches.
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DOI：
10.1186/1471-2105-5-140
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发表时间：
2004-09-30
影响因子：
3
通讯作者：
Giegerich R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gardner PP;Giegerich R
越来越多的研究人员发布了新的RNA结构分析和预测算法，用于结构预测的比较方法。然而，这些算法的独立基准很少被执行，因为现在蛋白质折叠，基因发现和多序列比对算法的常见做法。在这里，我们评估了一些RNA折叠算法使用可靠的RNA数据集，并比较其相对性能。我们得出结论，比较数据可以提高结构预测，但结构预测算法在不同长度和同源性的灵敏度和选择性方面差异很大。此外，我们还概述了未来研究的一些方向。
An increasing number of researchers have released novel RNA structure analysis and prediction algorithms for comparative approaches to structure prediction. Yet, independent benchmarking of these algorithms is rarely performed as is now common practice for protein-folding, gene-finding and multiple-sequence-alignment algorithms. Here we evaluate a number of RNA folding algorithms using reliable RNA data-sets and compare their relative performance. We conclude that comparative data can enhance structure prediction but structure-prediction-algorithms vary widely in terms of both sensitivity and selectivity across different lengths and homologies. Furthermore, we outline some directions for future research.
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影响因子：
64.5
作者：
Cawley, S;Bekiranov, S;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
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作者：
Griffiths-Jones, S;Bateman, A;Eddy, SR
通讯作者：
Eddy, SR
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作者：
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作者：
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