Genome-guided transcript assembly by integrative analysis of RNA sequence data.
Genome-guided transcript assembly by integrative analysis of RNA sequence data.
复制标题
DOI：
10.1038/nbt.2850
复制
发表时间：
2014-04
影响因子：
46.9
通讯作者：
Brown JB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boley N;Stoiber MH;Booth BW;Wan KH;Hoskins RA;Bickel PJ;Celniker SE;Brown JB
完全从短读长RNA测序数据（RNA - seq）中鉴定全长转录本在基因组注释流程中仍然是一个挑战。在此我们描述了一种用于基因组注释的自动化流程，它整合了RNA - seq和基因边界数据集，我们将其称为通用RNA整合工具（GRIT）。通过将GRIT应用于黑腹果蝇的短读长RNA - seq、基因表达的帽子分析（CAGE）以及为modENCODE项目收集的多聚腺苷酸位点测序（poly(A)-site - seq）数据，我们恢复了绝大多数先前注释的转录本，并使编目的转录本总数增加了一倍。我们发现20%的蛋白质编码基因编码多种蛋白质定位信号，并且在20日龄的成年果蝇头部，具有多个多聚腺苷酸化位点的基因比具有可变剪接或可变启动子的基因更为常见。与最广泛使用的转录本组装工具相比，GRIT以更高的精度恢复了更大比例的注释转录本。GRIT将能够在不需要大量人工注释的情况下自动生成高质量的基因组注释。
The identification of full length transcripts entirely from short-read RNA sequencing data (RNA-seq) remains a challenge in genome annotation pipelines. Here we describe an automated pipeline for genome annotation that integrates RNA-seq and gene-boundary data sets, which we call generalized RNA integration tool, or GRIT. By applying GRIT to Drosophila melanogaster short-read RNA-seq, cap analysis of gene expression (CAGE) and poly(A)-site-seq data collected for the modENCODE project, we recover the vast majority of previously annotated transcripts and double the total number of transcripts cataloged. We find that 20% of protein coding genes encode multiple protein-localization signals, and that, in 20 day old adult fly heads, genes with multiple poly-adenylation sites are more common than genes with alternate splicing or alternate promoters. When compared to the most widely used transcript assembly tools, GRIT recovers a larger fraction of annotated transcripts at higher precision. GRIT will enable the automated generation of high-quality genome annotations without necessitating extensive manual annotation.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Hansen KD;Brenner SE;Dudoit S
通讯作者：
Dudoit S
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1101/sqb.1978.042.01.105
发表时间：
1977-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
LIFTON, RP;GOLDBERG, ML;HOGNESS, DS
通讯作者：
HOGNESS, DS