The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update.
The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update.
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DOI：
10.1093/nar/gky379
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发表时间：
2018-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Blankenberg D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Afgan E;Baker D;Batut B;van den Beek M;Bouvier D;Cech M;Chilton J;Clements D;Coraor N;Grüning BA;Guerler A;Hillman-Jackson J;Hiltemann S;Jalili V;Rasche H;Soranzo N;Goecks J;Taylor J;Nekrutenko A;Blankenberg D
Galaxy（主页：https://galaxyproject.org，主要公共服务器：https://usegalaxy.org）是一个基于网络的科学分析平台，全球数万名科学家使用该平台分析大型生物医学数据集，如基因组学、蛋白质组学、代谢组学和成像中发现的数据集。自2005年开始，Galaxy一直专注于数据驱动的生物医学科学的三个关键挑战：使所有研究人员都能获得分析结果，确保分析结果完全可重现，并使分析结果的交流变得简单，以便重复使用和扩展。在过去两年中，Galaxy团队和围绕Galaxy的开源社区对Galaxy的核心框架、用户界面、工具和培训材料进行了重大改进。框架和用户界面的改进现在使Galaxy能够用于分析数万个数据集，Galaxy ToolShed现在提供超过5500个工具。银河社区已经努力创建了许多高质量的教程，重点是常见类型的基因组分析。银河系统开发人员和用户社区继续发展壮大，成为银河系统发展不可或缺的一部分。银河系统公共服务器、为银河系统框架及其工具作出贡献的开发人员以及银河系统主服务器的用户数量都大幅增加。
Galaxy (homepage: https://galaxyproject.org, main public server: https://usegalaxy.org) is a web-based scientific analysis platform used by tens of thousands of scientists across the world to analyze large biomedical datasets such as those found in genomics, proteomics, metabolomics and imaging. Started in 2005, Galaxy continues to focus on three key challenges of data-driven biomedical science: making analyses accessible to all researchers, ensuring analyses are completely reproducible, and making it simple to communicate analyses so that they can be reused and extended. During the last two years, the Galaxy team and the open-source community around Galaxy have made substantial improvements to Galaxy's core framework, user interface, tools, and training materials. Framework and user interface improvements now enable Galaxy to be used for analyzing tens of thousands of datasets, and >5500 tools are now available from the Galaxy ToolShed. The Galaxy community has led an effort to create numerous high-quality tutorials focused on common types of genomic analyses. The Galaxy developer and user communities continue to grow and be integral to Galaxy's development. The number of Galaxy public servers, developers contributing to the Galaxy framework and its tools, and users of the main Galaxy server have all increased substantially.
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影响因子：
4.4
作者：
Goecks J;Eberhard C;Too T;Galaxy Team;Nekrutenko A;Taylor J
通讯作者：
Taylor J
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx192
发表时间：
2017-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
da Veiga Leprevost F;Grüning BA;Alves Aflitos S;Röst HL;Uszkoreit J;Barsnes H;Vaudel M;Moreno P;Gatto L;Weber J;Bai M;Jimenez RC;Sachsenberg T;Pfeuffer J;Vera Alvarez R;Griss J;Nesvizhskii AI;Perez-Riverol Y
通讯作者：
Perez-Riverol Y
影响因子：
48
作者：
Qu K;Garamszegi S;Wu F;Thorvaldsdottir H;Liefeld T;Ocana M;Borges-Rivera D;Pochet N;Robinson JT;Demchak B;Hull T;Ben-Artzi G;Blankenberg D;Barber GP;Lee BT;Kuhn RM;Nekrutenko A;Segal E;Ideker T;Reich M;Regev A;Chang HY;Mesirov JP
通讯作者：
Mesirov JP
影响因子：
5.8
作者：
Blankenberg, Daniel;Johnson, James E.;Nekrutenko, Anton
通讯作者：
Nekrutenko, Anton
影响因子：
7
作者：
Giardine, B;Riemer, C;Nekrutenko, A
通讯作者：
Nekrutenko, A