The Chlamydomonas genome project: a decade on.
The Chlamydomonas genome project: a decade on.
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DOI：
10.1016/j.tplants.2014.05.008
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发表时间：
2014-10
影响因子：
20.5
通讯作者：
Prochnik, Simon
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blaby, Ian K.;Blaby-Haas, Crysten E.;Tourasse, Nicolas;Hom, Erik F. Y.;Lopez, David;Aksoy, Munevver;Grossman, Arthur;Umen, James;Dutcher, Susan;Porter, Mary;King, Stephen;Witman, George B.;Stanke, Mario;Harris, Elizabeth H.;Goodstein, David;Grimwood, Jane;Schmutz, Jeremy;Vallon, Olivier;Merchant, Sabeeha S.;Prochnik, Simon
莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）是研究光合作用、纤毛生物发生和微量元素动态平衡的热门单细胞生物。自基因组计划启动十年以来，对基因组的改进和基因预测的迭代过程将这种有机体推向了“组学”时代的前沿。位于联合基因组研究所（JGI）植物基因组门户网站Phytozome，最新的基因组数据包括排列在染色体上的基因组和高质量的基因模型，具有丰富的RNA-Seq数据支持的可选剪接形式。在这里，我们介绍了衣藻基因组学的过去、现在和未来。具体来说，我们详细介绍了基因组组装和基因模型改进的进展，讨论了基因注释的资源，功能预测和版本之间的位点ID定位，重要的是，概述了命名基因的标准化框架。
The green alga Chlamydomonas reinhardtii is a popular unicellular organism for studying photosynthesis, cilia biogenesis and micronutrient homeostasis. Ten years since its genome project was initiated, an iterative process of improvements to the genome and gene predictions has propelled this organism to the forefront of the “omics” era. Housed at Phytozome, the Joint Genome Institute’s (JGI) plant genomics portal, the most up-to-date genomic data include a genome arranged on chromosomes and high-quality gene models with alternative splice forms supported by an abundance of RNA-Seq data. Here, we present the past, present and future of Chlamydomonas genomics. Specifically, we detail progress on genome assembly and gene model refinement, discuss resources for gene annotations, functional predictions and locus ID mapping between versions and, importantly, outline a standardized framework for naming genes.
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