PlantTFDB 3.0: a portal for the functional and evolutionary study of plant transcription factors.
PlantTFDB 3.0: a portal for the functional and evolutionary study of plant transcription factors.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1016
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Luo J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jin J;Zhang H;Kong L;Gao G;Luo J
为了给植物转录因子（TF）的功能和进化研究提供资源，我们对植物TF数据库PlantTFDB（http：//www.example.com）进行了3.0版本的更新。planttfdb.cbi.pku.edu.cn在完善TF分类管道后，我们系统地鉴定了来自83个物种的129 288个TF，其中67个物种具有基因组序列，覆盖了绿色植物的主要谱系。除了上一版本中提供的丰富注释外，我们还为已鉴定的TF生成了更多注释，包括表达，调控，相互作用，保守元件，表型信息，来自UniProt，TAIR和NCBI GeneRIF的专家策划的描述，以及参考文献，为TF的功能研究提供线索。为了进一步明确已鉴定的TF之间的进化关系，我们将69 450个TF划分为3924个直向群，并分别构建了9217个相同科或相同直向群内的TF系统发育树。此外，我们在这个版本中设置了一个TF预测服务器，供用户从自己的序列中识别TF。
With the aim to provide a resource for functional and evolutionary study of plant transcription factors (TFs), we updated the plant TF database PlantTFDB to version 3.0 (http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn). After refining the TF classification pipeline, we systematically identified 129 288 TFs from 83 species, of which 67 species have genome sequences, covering main lineages of green plants. Besides the abundant annotation provided in the previous version, we generated more annotations for identified TFs, including expression, regulation, interaction, conserved elements, phenotype information, expert-curated descriptions derived from UniProt, TAIR and NCBI GeneRIF, as well as references to provide clues for functional studies of TFs. To help identify evolutionary relationship among identified TFs, we assigned 69 450 TFs into 3924 orthologous groups, and constructed 9217 phylogenetic trees for TFs within the same families or same orthologous groups, respectively. In addition, we set up a TF prediction server in this version for users to identify TFs from their own sequences.
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影响因子：
14.9
作者：
Hunter S;Jones P;Mitchell A;Apweiler R;Attwood TK;Bateman A;Bernard T;Binns D;Bork P;Burge S;de Castro E;Coggill P;Corbett M;Das U;Daugherty L;Duquenne L;Finn RD;Fraser M;Gough J;Haft D;Hulo N;Kahn D;Kelly E;Letunic I;Lonsdale D;Lopez R;Madera M;Maslen J;McAnulla C;McDowall J;McMenamin C;Mi H;Mutowo-Muellenet P;Mulder N;Natale D;Orengo C;Pesseat S;Punta M;Quinn AF;Rivoire C;Sangrador-Vegas A;Selengut JD;Sigrist CJ;Scheremetjew M;Tate J;Thimmajanarthanan M;Thomas PD;Wu CH;Yeats C;Yong SY
通讯作者：
Yong SY
影响因子：
14.9
作者：
Finn RD;Mistry J;Tate J;Coggill P;Heger A;Pollington JE;Gavin OL;Gunasekaran P;Ceric G;Forslund K;Holm L;Sonnhammer EL;Eddy SR;Bateman A
通讯作者：
Bateman A
影响因子：
14.9
作者：
Maglott D;Ostell J;Pruitt KD;Tatusova T
通讯作者：
Tatusova T
影响因子：
7.4
作者：
Richardt, Sandra;Lang, Daniel;Rensing, Stefan A.
通讯作者：
Rensing, Stefan A.
影响因子：
14.9
作者：
Agarwala, Richa;Barrett, Tanya;Zbicz, Kerry
通讯作者：
Zbicz, Kerry