Mapping genetically compensatory pathways from synthetic lethal interactions in yeast.
Mapping genetically compensatory pathways from synthetic lethal interactions in yeast.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0001922
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发表时间：
2008-04-09
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Li W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ma X;Tarone AM;Li W
合成致死遗传互作分析已成功地应用于预测基因的功能及其途径的身份。在单独的合成致死相互作用数据的背景下，两个基因之间的合成致死相互作用模式的全局相似性被用来预测基因功能。利用物理相互作用数据，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因子集内物理相互作用的富集和这些基因子集之间合成致死相互作用的富集被用作补偿途径的指示。在本文中，我们提出了一种方法，从合成致死相互作用的遗传补偿途径的映射。我们的方法的目的是发现成对的基因集，其中合成的致命的相互作用是在一个单独的集合中的基因之间耗尽，这样的基因集对连接许多合成的致命的相互作用。就其性质而言，我们的方法可以选择补偿途径对，缓冲任何一个失败的有害影响，而不需要物理相互作用数据。通过关注补偿途径对，其中每个单独途径中的基因具有高度同质的细胞功能，我们表明许多细胞功能具有遗传补偿特性。我们的结论是，合成致死相互作用数据是一个强大的来源，以地图遗传补偿途径，特别是在缺乏物理相互作用信息的系统，细胞功能网络包含丰富的补偿特性。
Synthetic lethal genetic interaction analysis has been successfully applied to predicting the functions of genes and their pathway identities. In the context of synthetic lethal interaction data alone, the global similarity of synthetic lethal interaction patterns between two genes is used to predict gene function. With physical interaction data, such as protein-protein interactions, the enrichment of physical interactions within subsets of genes and the enrichment of synthetic lethal interactions between those subsets of genes are used as an indication of compensatory pathways. In this paper, we propose a method of mapping genetically compensatory pathways from synthetic lethal interactions. Our method is designed to discover pairs of gene-sets in which synthetic lethal interactions are depleted among the genes in an individual set and where such gene-set pairs are connected by many synthetic lethal interactions. By its nature, our method could select compensatory pathway pairs that buffer the deleterious effect of the failure of either one, without the need of physical interaction data. By focusing on compensatory pathway pairs where genes in each individual pathway have a highly homogenous cellular function, we show that many cellular functions have genetically compensatory properties. We conclude that synthetic lethal interaction data are a powerful source to map genetically compensatory pathways, especially in systems lacking physical interaction information, and that the cellular function network contains abundant compensatory properties.
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通讯作者：
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作者：
Schuldiner, M;Collins, SR;Krogan, NJ
通讯作者：
Krogan, NJ
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Uetz, P;Giot, L;Rothberg, JM
通讯作者：
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10.1073/pnas.96.20.11206
发表时间：
1999-09-28
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作者：
Osmond, BC;Specht, CA;Robbins, PW
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Robbins, PW