webPRANK: a phylogeny-aware multiple sequence aligner with interactive alignment browser.
webPRANK: a phylogeny-aware multiple sequence aligner with interactive alignment browser.
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DOI：
10.1186/1471-2105-11-579
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发表时间：
2010-11-26
影响因子：
3
通讯作者：
Goldman N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Löytynoja A;Goldman N
系统发育感知的渐进式比对在系统发育比对基准中表现良好，并且产生上级比对以推断密码子序列上的选择。它在PRANK比对程序包中的实现还允许对复杂的进化过程进行建模，并对每个不同场景下进化的序列位点的后验概率进行推断，无论是与序列比对同时进行，还是作为现有比对的后处理步骤。这导致软件具有许多高级特征，并且用户可能发现难以生成最佳比对、可视化其比对结果中的全部信息或后处理这些结果，例如通过客观地选择比对位点的子集。我们已经创建了一个名为webPRANK的Web服务器，它为PRANK自动识别对齐算法提供了一个易于使用的接口。webPRANK服务器支持DNA、蛋白质和密码子序列的比对以及cDNA的蛋白质翻译比对，并包括用于基因组序列比对的内置结构模型。所得到的比对结果可以以各种格式导出，这些格式广泛用于进化序列分析。webPRANK服务器还包括一个强大的基于网络的比对浏览器，用于在与序列相关的进化枝图的背景下对结果进行可视化和后处理，允许（例如）去除对线柱，后验可靠性低。除了从头比对之外，webPRANK还可以用于推断具有遗传学上真实的空位模式的祖先序列，以及用于现有比对的注释和后处理。webPRANK服务器可在http://tinyurl.com/webprank网站上免费获得。webPRANK服务器在一个易于使用的Web界面中集成了可识别的多序列比对、可视化和后处理。它拓宽了多序列比对的用户基础，并允许仅使用标准Web浏览器执行小型序列分析项目的所有与比对相关的活动。
Phylogeny-aware progressive alignment has been found to perform well in phylogenetic alignment benchmarks and to produce superior alignments for the inference of selection on codon sequences. Its implementation in the PRANK alignment program package also allows modelling of complex evolutionary processes and inference of posterior probabilities for sequence sites evolving under each distinct scenario, either simultaneously with the alignment of sequences or as a post-processing step for an existing alignment. This has led to software with many advanced features, and users may find it difficult to generate optimal alignments, visualise the full information in their alignment results, or post-process these results, e.g. by objectively selecting subsets of alignment sites. We have created a web server called webPRANK that provides an easy-to-use interface to the PRANK phylogeny-aware alignment algorithm. The webPRANK server supports the alignment of DNA, protein and codon sequences as well as protein-translated alignment of cDNAs, and includes built-in structure models for the alignment of genomic sequences. The resulting alignments can be exported in various formats widely used in evolutionary sequence analyses. The webPRANK server also includes a powerful web-based alignment browser for the visualisation and post-processing of the results in the context of a cladogram relating the sequences, allowing (e.g.) removal of alignment columns with low posterior reliability. In addition to de novo alignments, webPRANK can be used for the inference of ancestral sequences with phylogenetically realistic gap patterns, and for the annotation and post-processing of existing alignments. The webPRANK server is freely available on the web at http://tinyurl.com/webprank . The webPRANK server incorporates phylogeny-aware multiple sequence alignment, visualisation and post-processing in an easy-to-use web interface. It widens the user base of phylogeny-aware multiple sequence alignment and allows the performance of all alignment-related activity for small sequence analysis projects using only a standard web browser.
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影响因子：
56.9
作者：
Wong, Karen M.;Suchard, Marc A.;Huelsenbeck, John P.
通讯作者：
Huelsenbeck, John P.
DOI：
10.1098/rstb.2008.0170
发表时间：
2008-12-27
期刊：
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
影响因子：
--
作者：
Löytynoja A;Goldman N
通讯作者：
Goldman N
影响因子：
10.7
作者：
Kosiol, Carolin;Holmes, Ian;Goldman, Nick
通讯作者：
Goldman, Nick
2009年欧洲生物信息学研究所的Web服务。
影响因子：
14.9
作者：
McWilliam H;Valentin F;Goujon M;Li W;Narayanasamy M;Martin J;Miyar T;Lopez R
通讯作者：
Lopez R
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ