On the importance of negative controls in viral landscape phylogeography.
On the importance of negative controls in viral landscape phylogeography.
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DOI：
10.1093/ve/vey023
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发表时间：
2018-07
期刊：
影响因子：
5.3
通讯作者：
Lemey P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dellicour S;Vrancken B;Trovão NS;Fargette D;Lemey P
系统地理重建正在成为评估可能影响病毒传播的因素的既定程序。虽然离散的系统地理方法可以用来测试离散地点之间转移率的预测因素，但也可以利用替代的连续系统地理重建来调查潜在环境层对病毒传播速度的影响。这两种方法是研究病原体传播的补充工具，但在这两种情况下，都必须小心避免误解。在这里，我们分析了来自西非和东非的水稻黄斑驳病毒(RYMV)序列数据，以说明这两种方法如何可以用于研究环境因素对病毒传播频率和速度的影响。虽然此前有报道称，宿主连通性是RYMV传播的主要决定因素，但我们发现，由于缺乏适当的阴性对照，这是一个假阳性结果。我们还讨论和比较了目前可用于研究环境因素对病毒传播的影响的系统动力学工具。
Phylogeographic reconstructions are becoming an established procedure to evaluate the factors that could impact virus spread. While a discrete phylogeographic approach can be used to test predictors of transition rates among discrete locations, alternative continuous phylogeographic reconstructions can also be exploited to investigate the impact of underlying environmental layers on the dispersal velocity of a virus. The two approaches are complementary tools for studying pathogens' spread, but in both cases, care must be taken to avoid misinterpretations. Here, we analyse rice yellow mottle virus (RYMV) sequence data from West and East Africa to illustrate how both approaches can be used to study the impact of environmental factors on the virus’ dispersal frequency and velocity. While it was previously reported that host connectivity was a major determinant of RYMV spread, we show that this was a false positive result due to the lack of appropriate negative controls. We also discuss and compare the phylodynamic tools currently available for investigating the impact of environmental factors on virus spread.
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