Open-3DSIM: an open-source three-dimensional structured illumination microscopy reconstruction platform.
Open-3DSIM: an open-source three-dimensional structured illumination microscopy reconstruction platform.
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DOI：
10.1038/s41592-023-01958-0
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发表时间：
2023-08
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Xi, Peng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cao, Ruijie;Li, Yaning;Chen, Xin;Ge, Xichuan;Li, Meiqi;Guan, Meiling;Hou, Yiwei;Fu, Yunzhe;Xu, Xinzhu;Jiang, Shan;Gao, Baoxiang;Xi, Peng
Open-3DSIM 是一个用于三维结构照明显微镜的开源重建平台。我们在各种样本和一系列信噪比水平上证明了其相对于其他算法在伪影抑制和高保真度重建方面的优越性能。 Open-3DSIM 还提供提取偶极子方向的能力，为解释六维 (xyzθλt) 亚细胞结构开辟了新途径。该平台以 MATLAB 代码、Fiji 插件和 Exe 应用程序形式提供，以最大限度地提高用户友好性。 Open-3DSIM 是一款多功能开源软件，用于三维结构照明显微镜数据（带偏振）的高保真重建。它以三种方便的形式提供，以实现用户友好和可定制的应用程序。
Open-3DSIM is an open-source reconstruction platform for three-dimensional structured illumination microscopy. We demonstrate its superior performance for artifact suppression and high-fidelity reconstruction relative to other algorithms on various specimens and over a range of signal-to-noise levels. Open-3DSIM also offers the capacity to extract dipole orientation, paving a new avenue for interpreting subcellular structures in six dimensions (xyzθλt). The platform is available as MATLAB code, a Fiji plugin and an Exe application to maximize user-friendliness. Open-3DSIM is a versatile open-source software for high-fidelity reconstruction of three-dimensional structured illumination microscopy data (with polarization). It is available in three convenient forms for user-friendly and customizable applications.
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