STITCH 2: an interaction network database for small molecules and proteins.
STITCH 2: an interaction network database for small molecules and proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gkp937
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bork P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuhn M;Szklarczyk D;Franceschini A;Campillos M;von Mering C;Jensen LJ;Beyer A;Bork P
在过去的几年里，关于小分子和蛋白质之间相互作用的公开知识一直在稳步增长。为了创建一个相互作用的网络，STITCH旨在整合分散在文献和生物学途径，药物-靶点关系和结合亲和力的各种数据库中的数据。在STITCH 2中，通过合并BindingDB、PharmGKB和比较毒理学基因组学数据库增加了相关相互作用的数量。由此产生的网络可以交互式探索或用作大规模分析的基础。为了方便与其他化学数据库的链接，我们采用了InChIKeys，它允许用一个短的、类似校验和的字符串来识别化学品。STITCH 2.0将630种生物的蛋白质与74000多种不同的化学物质连接起来，包括2200种药物。STITCH可以在http://stitch.embl.de/上访问。
Over the last years, the publicly available knowledge on interactions between small molecules and proteins has been steadily increasing. To create a network of interactions, STITCH aims to integrate the data dispersed over the literature and various databases of biological pathways, drug–target relationships and binding affinities. In STITCH 2, the number of relevant interactions is increased by incorporation of BindingDB, PharmGKB and the Comparative Toxicogenomics Database. The resulting network can be explored interactively or used as the basis for large-scale analyses. To facilitate links to other chemical databases, we adopt InChIKeys that allow identification of chemicals with a short, checksum-like string. STITCH 2.0 connects proteins from 630 organisms to over 74 000 different chemicals, including 2200 drugs. STITCH can be accessed at http://stitch.embl.de/.
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影响因子：
14.9
作者：
Davis AP;Murphy CG;Saraceni-Richards CA;Rosenstein MC;Wiegers TC;Mattingly CJ
通讯作者：
Mattingly CJ
影响因子：
14.9
作者：
Jensen LJ;Kuhn M;Stark M;Chaffron S;Creevey C;Muller J;Doerks T;Julien P;Roth A;Simonovic M;Bork P;von Mering C
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Wheeler, David L.;Barrett, Tanya;Yaschenko, Eugene
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