Interpopulation differences of retroduplication variations (RDVs) in rice retrogenes and their phenotypic correlations.
Interpopulation differences of retroduplication variations (RDVs) in rice retrogenes and their phenotypic correlations.
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水稻逆转录基因逆转录变异（RDV）的群体间差异及其表型相关性
DOI：
10.1016/j.csbj.2020.12.046
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发表时间：
2021
影响因子：
6
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zeng H;Chen X;Li H;Zhang J;Wei Z;Wang Y
逆转录复制变异(RDV)是一种具有重要生物学意义的逆转录多态现象，但其对基因功能和物种表型的影响尚不清楚。为此，我们分析了3010个水稻基因组的逆转录本和RDVS。我们计算了RDV在每个水稻群体基因组中的频率，检测了水稻基因组中突变、祖先和表达的逆转录基因，并分析了它们对水稻表型性状的影响。总共鉴定出73个RDV，其中14个位于祖先反转录基因中的RDV可以显著影响水稻的表型。我们的研究表明，RDV在水稻的迁移、驯化和进化过程中起着重要的作用。我们认为RDV是一个很好的分子育种标记候选。据我们所知，这是首次对逆转录基因的功能、表达、RDV与物种表型之间的关系进行研究。
Retroduplication variation (RDV), a type of retrocopy polymorphism, is considered to have essential biological significance, but its effect on gene function and species phenotype is still poorly understood. To this end, we analyzed the retrocopies and RDVs in 3,010 rice genomes. We calculated the RDV frequencies in the genome of each rice population; detected the mutated, ancestral and expressed retrogenes in rice genomes; and analyzed their RDV influence on rice phenotypic traits. Collectively, 73 RDVs were identified, and 14 RDVs in ancestral retrogenes can significantly affect rice phenotypes. Our research reveals that RDV plays an important role in rice migration, domestication and evolution. We think that RDV is a good molecular breeding marker candidate. To our knowledge, this is the first study on the relationship between retrogene function, expression, RDV and species phenotype.
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影响因子：
4.5
作者：
Kabza M;Kubiak MR;Danek A;Rosikiewicz W;Deorowicz S;Polański A;Makałowska I
通讯作者：
Makałowska I
DOI：
10.1038/nrg2487
发表时间：
2009-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
30.8
作者：
Dewannieux, M;Esnault, C;Heidmann, T
通讯作者：
Heidmann, T
影响因子：
14.9
作者：
Benson, Dennis A.;Karsch-Mizrachi, Ilene;Sayers, Eric W.
通讯作者：
Sayers, Eric W.
影响因子：
64.8
作者：
Huang X;Kurata N;Wei X;Wang ZX;Wang A;Zhao Q;Zhao Y;Liu K;Lu H;Li W;Guo Y;Lu Y;Zhou C;Fan D;Weng Q;Zhu C;Huang T;Zhang L;Wang Y;Feng L;Furuumi H;Kubo T;Miyabayashi T;Yuan X;Xu Q;Dong G;Zhan Q;Li C;Fujiyama A;Toyoda A;Lu T;Feng Q;Qian Q;Li J;Han B
通讯作者：
Han B