Pooled Generation of Lentiviral Tetracycline-Regulated microRNA Embedded Short Hairpin RNA Libraries.
Pooled Generation of Lentiviral Tetracycline-Regulated microRNA Embedded Short Hairpin RNA Libraries.
复制标题
慢病毒四环素调节的 microRNA 嵌入短发夹 RNA 文库的汇集生成
DOI：
10.1089/hgtb.2017.182
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发表时间：
2018
影响因子：
--
通讯作者：
Schwarzer A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Adams FF;Hoffmann T;Zuber J;Heckl D;Schambach A;Schwarzer A
短发夹RNA（shRNA）筛选是在功能丧失研究中探测遗传依赖性的有力工具，例如在癌症研究中识别治疗靶点。嵌入内源性microRNA环境中的慢病毒递送的shRNA（shRNAmiR）介导靶基因的有效长期抑制，适用于许多实验环境和临床应用。在这里，描述了一个易于使用的实验室方案，包括设计和集中的shRNAmiR文库合并组装成优化的Tet-inducible all-in-one慢病毒载体，包装病毒颗粒，然后在细胞DNA回收后检索和定量发夹序列。从基因列表开始到识别命中，该方案能够在6周内进行shRNA筛选。
Short hairpin RNA (shRNA) screens are powerful tools to probe genetic dependencies in loss-of-function studies, such as the identification of therapeutic targets in cancer research. Lentivirally delivered shRNAs embedded in endogenous microRNA contexts (shRNAmiRs) mediate efficient long-term suppression of target genes suitable for numerous experimental contexts and clinical applications. Here, an easy-to-use laboratory protocol is described, covering the design and pooled assembly of focused shRNAmiR libraries into an optimized, Tet-inducible all-in-one lentiviral vector, packaging of viral particles, followed by retrieval and quantification of hairpin sequences after cellular DNA-recovery. Starting from a gene list to the identification of hits, the protocol enables shRNA screens within 6 weeks.
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A. Schambach;Melanie Galla;U. Modlich;E. Will;S. Chandra;L. Reeves;M. Colbert;David A. Williams;C. von Kalle;C. Baum
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Jean Yee Hwa Yang;E. Vanin;M. Whitt;M. Fornerod;R. Zwart;R. Schneiderman;G. Grosveld;A. Nienhuis
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