xBASE, a collection of online databases for bacterial comparative genomics.
xBASE, a collection of online databases for bacterial comparative genomics.
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DOI：
10.1093/nar/gkj140
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pallen MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chaudhuri RR;Pallen MJ
先前描述的土方ischia大肠杆菌数据库coliBASE的模式已被应用于许多其他细菌分类群，统称为xBASE。新的数据库包括CampyDB（用于弯曲杆菌属、螺杆菌属和Wolinella）; PseudoDB（用于假单胞菌属）; ClostriDB（用于梭状芽孢杆菌属）; Rhizobium和Sinorhizobium; MycoDB（用于分枝杆菌属、链霉菌属和相关生物）。该数据库通过基于网络的图形界面提供用户友好的注释和基因组比较访问。新开发的功能包括全基因组展示，根据GC含量等特性对基因进行“绘画”，识别保守基序的模式搜索系统以及对某个区域编码的每个蛋白质进行批量BLAST搜索。如何数据库的例子，并继续被用来生成假设，随后的实验室调查。xBASE可在线访问。
The schema of the previously described Escherischia coli database coliBASE has been applied to a number of other bacterial taxa, under the collective name xBASE. The new databases include CampyDB for Campylobacter, Helicobacter and Wolinella; PseudoDB for pseudomonads; ClostriDB for clostridia; RhizoDB for Rhizobium and Sinorhizobium; and MycoDB, for Mycobacterium, Streptomyces and related organisms. The databases provide user friendly access to annotation and genome comparisons through a web-based graphical interface. Newly developed features include whole genome displays, ‘painting’ of genes according to properties such as GC content, a pattern search system to identify conserved motifs and batch BLAST searching of every protein encoded by a region. Examples of how the databases have been, and continue to be, used to generate hypotheses for subsequent laboratory investigation are presented. xBASE is available online at .
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影响因子：
3.6
作者：
Elvers, KT;Turner, SM;Park, SF
通讯作者：
Park, SF
影响因子：
3.2
作者：
Ren, CP;Beatson, SA;Pallen, MJ
通讯作者：
Pallen, MJ
影响因子：
9.8
作者：
Fouts DE;Mongodin EF;Mandrell RE;Miller WG;Rasko DA;Ravel J;Brinkac LM;DeBoy RT;Parker CT;Daugherty SC;Dodson RJ;Durkin AS;Madupu R;Sullivan SA;Shetty JU;Ayodeji MA;Shvartsbeyn A;Schatz MC;Badger JH;Fraser CM;Nelson KE
通讯作者：
Nelson KE
DOI：
10.1073/pnas.1130426100
发表时间：
2003-06-24
影响因子：
11.1
作者：
Garnier, T;Eiglmeier, K;Hewinson, RG
通讯作者：
Hewinson, RG
影响因子：
5.8
作者：
Hallin, PF;Ussery, DW
通讯作者：
Ussery, DW