A simple algorithm for quantifying DNA methylation levels on multiple independent CpG sites in bisulfite genomic sequencing electropherograms.
A simple algorithm for quantifying DNA methylation levels on multiple independent CpG sites in bisulfite genomic sequencing electropherograms.
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DOI：
10.1093/nar/gkn210
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发表时间：
2008-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Cooney CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leakey TI;Zielinski J;Siegfried RN;Siegel ER;Fan CY;Cooney CA
DNA胞嘧啶甲基化是一种广泛研究的表观遗传修饰。甲基化通常使用亚硫酸氢盐修饰DNA，然后进行PCR和限制性消化或测序等其他技术来检测。这些额外的技术或者是费力的，需要专门的设备，或者不是定量的。在这里，我们描述了一个简单的算法，从传统的四染料痕量测序分析产生定量结果。我们称这种方法为Mquant，并将其与已建立的实验室联合亚硫酸氢盐限制性试验（COBRA）方法进行比较。这种测序电泳图分析提供了一种简单、易于应用的方法来定量特定CpG位点的DNA甲基化。
DNA methylation at cytosines is a widely studied epigenetic modification. Methylation is commonly detected using bisulfite modification of DNA followed by PCR and additional techniques such as restriction digestion or sequencing. These additional techniques are either laborious, require specialized equipment, or are not quantitative. Here we describe a simple algorithm that yields quantitative results from analysis of conventional four-dye-trace sequencing. We call this method Mquant and we compare it with the established laboratory method of combined bisulfite restriction assay (COBRA). This analysis of sequencing electropherograms provides a simple, easily applied method to quantify DNA methylation at specific CpG sites.
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