Significant comparative characteristics between orphan and nonorphan genes in the rice (Oryza sativa L.) genome.
Significant comparative characteristics between orphan and nonorphan genes in the rice (Oryza sativa L.) genome.
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DOI：
10.1155/2007/21676
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发表时间：
2007
影响因子：
--
通讯作者：
Ye SP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guo WJ;Li P;Ling J;Ye SP
微卫星是基因组DNA中1 - 6个碱基的短串联重复序列。由于微卫星具有高度的多态性，在基因功能和重组中起着至关重要的作用，因此它们在动物和植物的进化和遗传育种中是一个有吸引力的研究课题。孤儿基因在现有的数据库中没有已知的同源物。通过生物信息学计算和统计分析，我们在水稻（Oryza sativa ssp.）日本木日本晴）蛋白质组。我们发现孤儿基因在性成熟后和环境压力下表达的比例比非孤儿基因大。孤儿基因通常具有较短的蛋白质长度和内含子大小，并且进化得更快。此外，孤儿基因具有更少的PROSITE模式与更大的模式大小比那些在nonorphan基因。孤儿基因的平均微卫星含量和三核苷酸重复的百分比也显著高于非孤儿基因。在孤儿基因的PROSITE模式中，微卫星较少被发现。总之，这些孤儿基因的特征表明，微卫星在孤儿基因的进化和表达中发挥着重要作用。
Microsatellites are short tandem repeats of one to six bases in genomic DNA. As microsatellites are highly polymorphic and play a vital role in gene function and recombination, they are an attractive subject for research in evolution and in the genetics and breeding of animals and plants. Orphan genes have no known homologs in existing databases. Using bioinformatic computation and statistical analysis, we identified 19,26 orphan genes in the rice (Oryza sativa ssp. Japanica cv. Nipponbare) proteome. We found that a larger proportion of orphan genes are expressed after sexual maturation and under environmental pressure than nonorphan genes. Orphan genes generally have shorter protein lengths and intron size, and are faster evolving. Additionally, orphan genes have fewer PROSITE patterns with larger pattern sizes than those in nonorphan genes. The average microsatellite content and the percentage of trinucleotide repeats in orphan genes are also significantly higher than in nonorphan genes. Microsatellites are found less often in PROSITE patterns in orphan genes. Taken together, these orphan gene characteristics suggest that microsatellites play an important role in orphan gene evolution and expression.
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影响因子：
14.9
作者：
BAIROCH, A
通讯作者：
BAIROCH, A
影响因子：
1.5
作者：
Long, MY;Deutsch, M;Zhang, JM
通讯作者：
Zhang, JM
影响因子：
64.8
作者：
Amrani, N;Ganesan, R;Jacobson, A
通讯作者：
Jacobson, A
DOI：
10.1073/pnas.101109298
发表时间：
2001-05-22
影响因子：
11.1
作者：
Nevo, E
通讯作者：
Nevo, E
影响因子：
2.2
作者：
Huang, DX;Yang, QG;Yang, RZ
通讯作者：
Yang, RZ