The landscape of human mutually exclusive splicing.
The landscape of human mutually exclusive splicing.
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DOI：
10.15252/msb.20177728
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发表时间：
2017-12-14
影响因子：
9.9
通讯作者：
Kollmar M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hatje K;Rahman RU;Vidal RO;Simm D;Hammesfahr B;Bansal V;Rajput A;Mickael ME;Sun T;Bonn S;Kollmar M
外显子的互斥剪接是一种功能基因和蛋白质多样化的机制，在生物发育和人类的Timothy综合征、心肌病和癌症等疾病中起着关键作用。为了获得对相互排斥剪接在人类中的范围和生物学作用的第一次全基因组估计，我们使用515个公开可用的RNA-Seq数据集预测并随后验证了相互排斥外显子(MXE)。在这里，我们提供了超过855个MXE的表达证据，其中42%代表新的外显子，使注释的人类相互排斥外显子增加了五倍以上。这些数据为高等脊椎动物中存在大而多簇的MXE提供了强有力的证据，并为MXE的进化提供了新的见解。在哺乳动物中，超过82%的MXE簇是保守的，在果蝇中有5个簇具有同源簇。最后，MXE显著富含致病突变，它们的时空表达可能预测人类疾病的病理。
Mutually exclusive splicing of exons is a mechanism of functional gene and protein diversification with pivotal roles in organismal development and diseases such as Timothy syndrome, cardiomyopathy and cancer in humans. In order to obtain a first genomewide estimate of the extent and biological role of mutually exclusive splicing in humans, we predicted and subsequently validated mutually exclusive exons (MXEs) using 515 publically available RNA‐Seq datasets. Here, we provide evidence for the expression of over 855 MXEs, 42% of which represent novel exons, increasing the annotated human mutually exclusive exome more than fivefold. The data provide strong evidence for the existence of large and multi‐cluster MXEs in higher vertebrates and offer new insights into MXE evolution. More than 82% of the MXE clusters are conserved in mammals, and five clusters have homologous clusters in Drosophila. Finally, MXEs are significantly enriched in pathogenic mutations and their spatio‐temporal expression might predict human disease pathology.
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影响因子：
4.3
作者：
Corvelo A;Hallegger M;Smith CW;Eyras E
通讯作者：
Eyras E
影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Cavanaugh M;Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
DOI：
10.1073/pnas.89.4.1497
发表时间：
1992-02-15
影响因子：
11.1
作者：
DIEBOLD, RJ;KOCH, WJ;SCHWARTZ, A
通讯作者：
SCHWARTZ, A
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
影响因子：
2.4
作者：
Ceriani, Lidia;Verme, Paolo
通讯作者：
Verme, Paolo