Protocol to detect RNAs from tissue sections in mice using Y-branched probe in situ hybridization.
Protocol to detect RNAs from tissue sections in mice using Y-branched probe in situ hybridization.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101686
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发表时间：
2022-12-16
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Yu, C. Ron
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu, Yunming;Yu, C. Ron
在这里，我们描述了一个荧光原位杂交协议命名为Yn-situ，代表Y分支探针原位杂交，检测RNA从小鼠组织切片。我们提供了使用切口酶合成和定量探针的步骤。我们还详细介绍了组织切片的制备，探针杂交，使用杂交链反应（HCR）的信号开发，和信号的定量。这种方法避免了使用专有的原位杂交技术，因此降低了成本。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参阅。方案包括探针制备、杂交、成像和定量步骤用于合成和定量荧光探针的优化方案探针设计和荧光斑点定量的详细说明出版商说明：进行任何实验方案都需要遵守当地机构的实验室安全和伦理指南。在这里，我们描述了一个荧光原位杂交协议命名为Yn-situ，代表Y分支探针原位杂交，检测RNA从小鼠组织切片。我们提供了使用切口酶合成和定量探针的步骤。我们还详细介绍了组织切片的制备，探针杂交，使用杂交链反应（HCR）的信号开发，和信号的定量。这种方法避免了使用专有的原位杂交技术，因此降低了成本。
Here, we describe a fluorescent in situ hybridization protocol named Yn-situ, standing for Y-branched probe in situ hybridization, to detect RNAs from mice tissue sections. We provide steps for the synthesis and quantification of preamplifier probe using nickase. We also detail the preparation of tissue section, probe hybridization, signal development using hybridization chain reaction (HCR), and quantification of the signals. This approach avoids the use of proprietary in situ hybridization techniques, therefore reducing costs. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Protocol includes probe preparation, hybridization, imaging, and quantification steps An optimized protocol for synthesis and quantification of the preamplifier probe Detailed instructions for probe design and fluorescent puncta quantification Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. Here, we describe a fluorescent in situ hybridization protocol named Yn-situ, standing for Y-branched probe in situ hybridization, to detect RNAs from mice tissue sections. We provide steps for the synthesis and quantification of preamplifier probe using nickase. We also detail the preparation of tissue section, probe hybridization, signal development using hybridization chain reaction (HCR), and quantification of the signals. This approach avoids the use of proprietary in situ hybridization techniques, therefore reducing costs.
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