Comparative study of whole genome amplification and next generation sequencing performance of single cancer cells.
Comparative study of whole genome amplification and next generation sequencing performance of single cancer cells.
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DOI：
10.18632/oncotarget.10701
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发表时间：
2017-08-22
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Joosse SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Babayan A;Alawi M;Gormley M;Müller V;Wikman H;McMullin RP;Smirnov DA;Li W;Geffken M;Pantel K;Joosse SA
单细胞基因分型需要全基因组扩增 (WGA)。目前可用的 WGA 技术与下一代测序 (NGS) 和材料保存相结合的有效性仍然难以捉摸。在SNP/突变、插入缺失和拷贝数畸变（CNA）检出的准确性方面，HiSeq2000平台在各个方面都优于IonProton。此外，相对于 CellSave 保存的血液，使用从 EDTA 收集的血液中获得的单个肿瘤细胞证明了更准确的 SNP/突变和插入缺失识别，而我们研究中的 CNA 分析并未检测到受到固定的影响。尽管基于 MDA 的 WGA 产生了最高的 DNA 量，但 DNA 质量不足以进行下游分析。基于 PCR 的 WGA 在单细胞中进行 SNP 和 indel 分析时表现出优于 MDA-PCR 组合技术的优势。然而，MDA-PCR WGA 的 SNP 检出性能会随着输入 DNA 量的增加而提高，而 CNA 分析却不会。基于 PCR 的 WGA 的性能并没有随着输入材料的增加而显着提高。单细胞的 CNA 图谱经过 MDA-PCR 技术扩增并在 HiSeq2000 和 IonProton 平台上测序，与未扩增的 DNA 最相似。我们分析了基于 PCR、基于多重置换扩增 (MDA) 以及结合 WGA 技术（WGA 试剂盒分别为 Ampli1、REPLI-g 和 PicoPlex）的 MDA-PCR 对从 EDTA 和 CellSave 保存的血液和档案材料中获得的单个和混合肿瘤细胞的性能。使用 Illumina HiSeq2000 和 ThermoFisher IonProton 平台对扩增的 DNA 进行外显子组测序。我们证明了对不同保存材料进行单细胞基因分型的可行性，然而，必须根据研究目的仔细选择 WGA 和 NGS 方法。
Whole genome amplification (WGA) is required for single cell genotyping. Effectiveness of currently available WGA technologies in combination with next generation sequencing (NGS) and material preservation is still elusive. In respect to the accuracy of SNP/mutation, indel, and copy number aberrations (CNA) calling, the HiSeq2000 platform outperformed IonProton in all aspects. Furthermore, more accurate SNP/mutation and indel calling was demonstrated using single tumor cells obtained from EDTA-collected blood in respect to CellSave-preserved blood, whereas CNA analysis in our study was not detectably affected by fixation. Although MDA-based WGA yielded the highest DNA amount, DNA quality was not adequate for downstream analysis. PCR-based WGA demonstrates superiority over MDA-PCR combining technique for SNP and indel analysis in single cells. However, SNP calling performance of MDA-PCR WGA improves with increasing amount of input DNA, whereas CNA analysis does not. The performance of PCR-based WGA did not significantly improve with increase of input material. CNA profiles of single cells, amplified with MDA-PCR technique and sequenced on both HiSeq2000 and IonProton platforms, resembled unamplified DNA the most. We analyzed the performance of PCR-based, multiple-displacement amplification (MDA)-based, and MDA-PCR combining WGA techniques (WGA kits Ampli1, REPLI-g, and PicoPlex, respectively) on single and pooled tumor cells obtained from EDTA- and CellSave-preserved blood and archival material. Amplified DNA underwent exome-Seq with the Illumina HiSeq2000 and ThermoFisher IonProton platforms. We demonstrate the feasibility of single cell genotyping of differently preserved material, nevertheless, WGA and NGS approaches have to be chosen carefully depending on the study aims.
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影响因子：
4.7
作者：
Carpenter EL;Rader J;Ruden J;Rappaport EF;Hunter KN;Hallberg PL;Krytska K;O'Dwyer PJ;Mosse YP
通讯作者：
Mosse YP
影响因子：
158.5
作者：
Cristofanilli, M;Budd, GT;Hayes, DF
通讯作者：
Hayes, DF
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr670
发表时间：
2012-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Boeva V;Popova T;Bleakley K;Chiche P;Cappo J;Schleiermacher G;Janoueix-Lerosey I;Delattre O;Barillot E
通讯作者：
Barillot E
影响因子：
11.1
作者：
Joosse SA;Gorges TM;Pantel K
通讯作者：
Pantel K
使用下一代 DNA 测序数据进行变异发现和基因分型的框架。
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--