Computational tools for metabolic engineering.
Computational tools for metabolic engineering.
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DOI：
10.1016/j.ymben.2012.03.001
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发表时间：
2012-05
影响因子：
8.4
通讯作者：
Sauro, Herbert M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Copeland, Wilbert B.;Bartley, Bryan A.;Chandran, Deepak;Galdzicki, Michal;Kim, Kyung H.;Sleight, Sean C.;Maranas, Costas D.;Sauro, Herbert M.
现在代谢工程领域使用了各种各样的软件应用程序。这些应用程序的创建是为了支持广泛的实验和分析技术。在整个代谢工程工作流程中利用计算工具从大数据集中提取和解释相关信息，以更易于管理的形式呈现复杂模型，并提出有效的网络设计策略。在这篇综述中，我们提出了许多可以帮助修改和理解细胞代谢网络的工具。该审查涵盖与代谢工程师相关的七个领域。这些包括代谢重建工作、网络可视化、核酸和蛋白质工程、代谢流分析、途径探索、结构后网络分析和培养优化。可用工具的列表非常广泛，我们只能重点介绍每个领域中具有代表性的一小部分工具。
A great variety of software applications are now employed in the metabolic engineering field. These applications have been created to support a wide range of experimental and analysis techniques. Computational tools are utilized throughout the metabolic engineering workflow to extract and interpret relevant information from large data sets, to present complex models in a more manageable form, and to propose efficient network design strategies. In this review, we present a number of tools that can assist in modifying and understanding cellular metabolic networks. The review covers seven areas of relevance to metabolic engineers. These include metabolic reconstruction efforts, network visualization, nucleic acid and protein engineering, metabolic flux analysis, pathway prospecting, post-structural network analysis and culture optimization. The list of available tools is extensive and we can only highlight a small, representative portion of the tools from each area.
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影响因子：
14.9
作者：
Caspi R;Altman T;Dale JM;Dreher K;Fulcher CA;Gilham F;Kaipa P;Karthikeyan AS;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Mueller LA;Paley S;Popescu L;Pujar A;Shearer AG;Zhang P;Karp PD
通讯作者：
Karp PD
影响因子：
3
作者：
DeJongh M;Formsma K;Boillot P;Gould J;Rycenga M;Best A
通讯作者：
Best A
影响因子：
14.9
作者：
Cvijovic, Marija;Olivares-Hernandez, Roberto;Nielsen, Jens
通讯作者：
Nielsen, Jens
影响因子：
14.9
作者：
Czar MJ;Cai Y;Peccoud J
通讯作者：
Peccoud J
影响因子：
15
作者：
Bayer, Travis S.;Widmaier, Daniel M.;Voigt, Christopher A.
通讯作者：
Voigt, Christopher A.