Fingerprints of Modified RNA Bases from Deep Sequencing Profiles.
Fingerprints of Modified RNA Bases from Deep Sequencing Profiles.
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DOI：
10.1021/jacs.7b07914
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发表时间：
2017-11-29
影响因子：
15
通讯作者：
Kool ET
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kietrys AM;Velema WA;Kool ET
RNA碱基的转录后修饰不仅存在于许多非编码RNA中，而且最近在编码（信使）RNA中也被发现。它们需要复杂和费力的方法来定位，许多仍然缺乏定位检测的方法。在这里，我们测试了下一代测序（NGS）检测和区分合成RNA中十个修饰碱基的能力。我们比较了超深度测序模式的修饰碱基，包括错误编码，插入和缺失（indels），和截断，未修饰的碱基在相同的情况下。数据显示了对修饰的广泛变化的反应，从无反应到高水平的突变、插入、缺失和截短。模式是不同的几个修改，并建议未来使用超深度测序作为指纹识别策略定位和识别细胞RNA中的修改。
Posttranscriptional modifications of RNA bases are not only found in many noncoding RNAs but have also recently been identified in coding (messenger) RNAs as well. They require complex and laborious methods to locate, and many still lack methods for localized detection. Here we test the ability of next-generation sequencing (NGS) to detect and distinguish between ten modified bases in synthetic RNAs. We compare ultradeep sequencing patterns of modified bases, including miscoding, insertions and deletions (indels), and truncations, to unmodified bases in the same contexts. The data show widely varied responses to modification, ranging from no response, to high levels of mutations, insertions, deletions, and truncations. The patterns are distinct for several of the modifications, and suggest the future use of ultradeep sequencing as a fingerprinting strategy for locating and identifying modifications in cellular RNAs.
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影响因子：
16.8
作者：
Lapkouski, Mikalai;Tian, Lan;Miller, Jennifer T.;Le Grice, Stuart F. J.;Yang, Wei
通讯作者：
Yang, Wei
DOI：
10.1261/rna.052464.115
发表时间：
2015-09
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Hudson BH;Zaher HS
通讯作者：
Zaher HS
影响因子：
16.6
作者：
Aschenbrenner, Joos;Drum, Matthias;Topal, Huesnue;Wieland, Markus;Marx, Andreas
通讯作者：
Marx, Andreas
DOI：
10.1126/science.aad8711
发表时间：
2016-06-17
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gilbert WV;Bell TA;Schaening C
通讯作者：
Schaening C
影响因子：
14.9
作者：
Hauenschild R;Tserovski L;Schmid K;Thüring K;Winz ML;Sharma S;Entian KD;Wacheul L;Lafontaine DL;Anderson J;Alfonzo J;Hildebrandt A;Jäschke A;Motorin Y;Helm M
通讯作者：
Helm M