An Atlas of β-Glucuronidases in the Human Intestinal Microbiome.
An Atlas of β-Glucuronidases in the Human Intestinal Microbiome.
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DOI：
10.1016/j.str.2017.05.003
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发表时间：
2017-07-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Redinbo MR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pollet RM;D'Agostino EH;Walton WG;Xu Y;Little MS;Biernat KA;Pellock SJ;Patterson LM;Creekmore BC;Isenberg HN;Bahethi RR;Bhatt AP;Liu J;Gharaibeh RZ;Redinbo MR
微生物组编码的 β-葡萄糖醛酸酶 (GUS) 通过在胃肠道 (GI) 中代谢药物，在人类健康中发挥重要作用。然而，人类胃肠道微生物组中这些蛋白质的数量、类型和多样性仍不清楚。我们为人类微生物组计划 GI 数据库提供了一份全面的 GUS 酶图谱。我们鉴定了总共 3,013 种和 279 种独特的微生物组编码的 GUS 蛋白，分为六个独特的结构类别。我们分配它们的分类，评估细胞定位，揭示 139 个样本中个体之间的变异性，并发现 112 种新型微生物 GUS 酶。最常见 GUS 蛋白的代表性体外组（通过读数丰度）强调了该家族内的结构和功能变异性，包括它们对较小的葡萄糖苷酸和较大的碳水化合物的差异处理。这些数据为检查对人类健康至关重要的微生物组编码酶提供了从测序到分子的路线图。微生物 β-葡萄糖醛酸酶 (GUS) 会导致药物引起的哺乳动物肠道损伤。我们在人类微生物组计划数据库中鉴定了总共 3,013 种和 279 种独特的微生物 GUS 蛋白，并揭示了它们对不同底物的差异处理。这些数据为检查对人类健康至关重要的微生物编码酶提供了路线图。
Microbiome-encoded β-glucuronidase (GUS) enzymes play important roles in human health by metabolizing drugs in the gastrointestinal (GI) tract. The numbers, types and diversity of these proteins in the human GI microbiome, however, remain undefined. We present an atlas of GUS enzymes comprehensive for the Human Microbiome Project GI database. We identify 3,013 total and 279 unique microbiome-encoded GUS proteins clustered into six unique structural categories. We assign their taxonomy, assess cellular localization, reveal the inter-individual variability within the 139 individuals sampled, and discover 112 novel microbial GUS enzymes. A representative in vitro panel of the most common GUS proteins by read abundances highlights structural and functional variabilities within the family, including their differential processing of smaller glucuronides and larger carbohydrates. These data provide a sequencing-to-molecular roadmap for examining microbiome-encoded enzymes essential to human health. Microbial β-glucuronidase (GUS) enzymes cause drug-induced damage in the mammalian gut. We identify the 3,013 total and 279 unique microbial GUS proteins in the Human Microbiome Project database, and reveal their differential processing of distinct substrates. These data provide a roadmap for examining microbiome-encoded enzymes essential to human health.
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影响因子：
14.8
作者：
Kelley LA;Mezulis S;Yates CM;Wass MN;Sternberg MJ
通讯作者：
Sternberg MJ
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作者：
Maurice CF;Haiser HJ;Turnbaugh PJ
通讯作者：
Turnbaugh PJ
聚糖代谢如何塑造人类肠道微生物群。
DOI：
10.1038/nrmicro2746
发表时间：
2012-04-11
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.5
作者：
Abuhelwa, Ahmad Y.;Foster, David J. R.;Upton, Richard N.
通讯作者：
Upton, Richard N.
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K