Synima: a Synteny imaging tool for annotated genome assemblies.
Synima: a Synteny imaging tool for annotated genome assemblies.
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DOI：
10.1186/s12859-017-1939-7
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发表时间：
2017-11-21
影响因子：
3
通讯作者：
Farrer RA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Farrer RA
全基因组的同源预测和合成可视化是检测和表示一系列进化过程（如基因组扩增、染色体重排和染色体易位）的有价值的方法。目前很少有独立的方法可用于可视化任意数量的带注释基因组的同步性。在这里，我介绍了一个用Perl编写的Synteny成像工具（Synima），它使用r的图形特性。Synima从相互的最佳BLAST命中或OrthoMCL和DAGchainer中计算同源物，并以PDF格式输出全基因组合成的概述。这些程序都包含在Synima包中，并提供了使用它们的管道。Synima具有一系列图形参数，包括大小、颜色、顺序和标签，这些参数在Synima首次运行时生成的配置文件中指定，并且可以随后进行编辑。Synima可以在命令行上快速运行，生成信息丰富且具有发布质量的数据。Synima是开源的，在MIT许可下可以从https://github.com/rhysf/Synima免费获得。Synima应该是一个有价值的工具，用于可视化两个或多个注释基因组组装之间的一致性。
Ortholog prediction and synteny visualization across whole genomes are valuable methods for detecting and representing a range of evolutionary processes such as genome expansion, chromosomal rearrangement, and chromosomal translocation. Few standalone methods are currently available to visualize synteny across any number of annotated genomes. Here, I present a Synteny Imaging tool (Synima) written in Perl, which uses the graphical features of R. Synima takes orthologues computed from reciprocal best BLAST hits or OrthoMCL, and DAGchainer, and outputs an overview of genome-wide synteny in PDF. Each of these programs are included with the Synima package, and a pipeline for their use. Synima has a range of graphical parameters including size, colours, order, and labels, which are specified in a config file generated by the first run of Synima – and can be subsequently edited. Synima runs quickly on a command line to generate informative and publication quality figures. Synima is open source and freely available from https://github.com/rhysf/Synima under the MIT License. Synima should be a valuable tool for visualizing synteny between two or more annotated genome assemblies.
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Zhang Y
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10.2307/2412448
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期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
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FITCH, WM
通讯作者：
FITCH, WM