SHMTool: a webserver for comparative analysis of somatic hypermutation datasets.
SHMTool: a webserver for comparative analysis of somatic hypermutation datasets.
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DOI：
10.1016/j.dnarep.2008.09.006
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发表时间：
2009-01-01
期刊：
影响因子：
3.8
通讯作者：
Bergman, Aviu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
MacCarthy, Thomas;Roa, Sergio;Scharff, Matthew D.;Bergman, Aviu
免疫球蛋白可变区（Immunoglobulin variable， V）的体细胞超突变（somatic hypermutation， SHM）是抗体多样性产生的关键过程。在小鼠和人类SHM期间发生的点突变数据集越来越多，通常包括野生型和个体或品系在导致SHM的修复机制中存在遗传缺陷的比较。然而，比较不同研究的结果一直很困难，因为分析没有标准化的标准，如碱基组成的校正和独特突变的包含。如果涉及到许多突变，分析也会很耗时。为了克服这些问题并促进类似数据的标准化分析和显示，我们提出了一个用于比较SHM数据集的web服务器（SHMTool），可在http://scb.aecom.yu.edu/shmtool上获得。
The somatic hypermutation (SHM) of Immunoglobulin variable (V) regions is a key process in the generation of antibody diversity. The growing number of datasets of point mutations that occur during SHM in mice and humans often include comparisons between wild-type and individuals or strains genetically defective in the repair mechanisms that contribute to SHM. However, it has been difficult to compare the results of different studies because the analyses have not been standardized for criteria such as correction for base composition and the inclusion of unique mutations. If many mutations are involved, the analysis can also be time consuming. To overcome these problems and facilitate a standardized analysis and display of similar data, we present a webserver (SHMTool) for comparing SHM datasets, available at http://scb.aecom.yu.edu/shmtool.
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DOI：
10.1016/0167-4781(92)90134-l
发表时间：
1992-11-15
期刊：
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA
影响因子：
--
作者：
ROGOZIN, IB;KOLCHANOV, NA
通讯作者：
KOLCHANOV, NA
影响因子：
56.9
作者：
Vartanian, Jean-Pierre;Guetard, Denise;Wain-Hobson, Simon
通讯作者：
Wain-Hobson, Simon
影响因子：
4.4
作者：
Mayorov, VI;Rogozin, IB;Gearhart, PJ
通讯作者：
Gearhart, PJ
影响因子：
5.4
作者：
Bhattacharya, Palash;Grigera, Fernando;Kenter, Amy L.
通讯作者：
Kenter, Amy L.
影响因子：
56.9
作者：
RAJEWSKY, K;FORSTER, I;CUMANO, A
通讯作者：
CUMANO, A