Monte Carlo simulation and thermodynamic integration applied to protein charge transfer
Monte Carlo simulation and thermodynamic integration applied to protein charge transfer
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蒙特卡罗模拟和热力学积分应用于蛋白质电荷转移
DOI：
10.1002/jcc.26155
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发表时间：
2020
影响因子：
3
通讯作者：
T. Koslowski
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Kaiser;M. Castellano;D. Gnandt;T. Koslowski
我们介绍了蒙特卡罗模拟和热力学积分方法的组合，以解决自由能计算中的一个模型问题，在蛋白质中的电子转移。该方法的可行性进行了测试，使用铁氧还蛋白从耐酸梭菌蛋白。将结果与泊松-玻尔兹曼方程的数值解和最近分子动力学模拟的蛋白质复合物中电荷转移的数据进行比较，NrfHA亚硝酸盐还原酶ofDesulfovibrio vulgaris。尽管蒙特卡罗方法的概念和计算简单，数据吻合得很好，与其他方法获得的。通过细菌光合反应中心的细胞色素亚基建立了与实验的联系。
We introduce a combination of Monte Carlo simulation and thermodynamic integration methods to address a model problem in free energy computations, electron transfer in proteins. The feasibility of this approach is tested using the ferredoxin protein fromClostridium acidurici. The results are compared to numerical solutions of the Poisson‐Boltzmann equation and data from recent molecular dynamics simulations on charge transfer in a protein complex, the NrfHA nitrite reductase ofDesulfovibrio vulgaris. Despite the conceptual and computational simplicity of the Monte Carlo approach, the data agree well with those obtained by other methods. A link to experiments is established via the cytochrome subunit of the bacterial photosynthetic reaction center ofRhodopseudomonas viridis.
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Will Tribbey
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