BlastR--fast and accurate database searches for non-coding RNAs.
BlastR--fast and accurate database searches for non-coding RNAs.
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DOI：
10.1093/nar/gkr335
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发表时间：
2011-09-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Notredame C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bussotti G;Raineri E;Erb I;Zytnicki M;Wilm A;Beaudoing E;Bucher P;Notredame C
我们提出并验证了 BlastR，一种高效、准确地搜索非编码 RNA 的方法。我们的方法依赖于使用 BlosumR（一种新的对数奇数替换矩阵）对二核苷酸进行比较。为了使用 BlosumR 进行比较，我们将 RNA 序列重新编码为类蛋白质序列。然后我们展示了 BlosumR 可以与 BlastP 算法一起使用来搜索非编码 RNA 序列。我们使用 Rfam 作为黄金标准，对这种方法进行了基准测试，结果表明 BlastR 比 BlastN 更敏感。我们还表明，BlastR 比与单核苷酸对数奇数替换矩阵一起使用的 BlastP 更快、更灵敏。当 BlastR 与 WU-BlastP 结合使用时，其准确度比 WU-BlastN 提高约 5%，但速度慢约 50 倍。此处所示的方法与 NCBI-Blast 软件包结合使用时同样有效。该软件是一款开源免费软件，可从 www.tcoffee.org/blastr.html 获取。
We present and validate BlastR, a method for efficiently and accurately searching non-coding RNAs. Our approach relies on the comparison of di-nucleotides using BlosumR, a new log-odd substitution matrix. In order to use BlosumR for comparison, we recoded RNA sequences into protein-like sequences. We then showed that BlosumR can be used along with the BlastP algorithm in order to search non-coding RNA sequences. Using Rfam as a gold standard, we benchmarked this approach and show BlastR to be more sensitive than BlastN. We also show that BlastR is both faster and more sensitive than BlastP used with a single nucleotide log-odd substitution matrix. BlastR, when used in combination with WU-BlastP, is about 5% more accurate than WU-BlastN and about 50 times slower. The approach shown here is equally effective when combined with the NCBI-Blast package. The software is an open source freeware available from www.tcoffee.org/blastr.html.
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
14.9
作者：
Griffiths-Jones, S;Bateman, A;Eddy, SR
通讯作者：
Eddy, SR
影响因子：
14.9
作者：
Lu, Yue;Sze, Sing-Hoi
通讯作者：
Sze, Sing-Hoi
影响因子：
7
作者：
Freyhult, Eva K.;Bollback, Jonathan P.;Gardner, Paul P.
通讯作者：
Gardner, Paul P.