Identification of Reduced Host Transcriptomic Signatures for Tuberculosis Disease and Digital PCR-Based Validation and Quantification.
Identification of Reduced Host Transcriptomic Signatures for Tuberculosis Disease and Digital PCR-Based Validation and Quantification.
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DOI：
10.3389/fimmu.2021.637164
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发表时间：
2021
影响因子：
7.3
通讯作者：
Levin M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gliddon HD;Kaforou M;Alikian M;Habgood-Coote D;Zhou C;Oni T;Anderson ST;Brent AJ;Crampin AC;Eley B;Heyderman R;Kern F;Langford PR;Ottenhoff THM;Hibberd ML;French N;Wright VJ;Dockrell HM;Coin LJ;Wilkinson RJ;Levin M
最近，宿主全血基因表达特征已被确定用于结核病的诊断。血液中签名转录本浓度的绝对定量尚未报道，但将促进诊断测试的发展。为了确定最小转录本签名，我们对来自非洲成年人的微阵列数据应用了转录本选择程序，这些数据包括536名结核病、其他疾病（OD）和潜伏性结核病（LTBI）患者，这些患者被分为训练集和测试集。使用逆转录酶(RT) -数字PCR （dPCR）进一步研究特征。RT-dPCR检测的四转录物特征（GBP6、TMCC1、PRDM1和ARG1）将结核病患者与OD患者区分开来(曲线下面积（AUC） 93.8% （CI95% 82.2-100%）。一个三转录本签名（FCGR1A、ZNF296和C1QB）将TB与LTBI区分开来（AUC 97.3%, CI95%: 93.3-100%），与HIV无关。这些特征已在不同平台和样本间得到验证，为将其用作结核病诊断生物标志物提供了强有力的定量支持。
Recently, host whole blood gene expression signatures have been identified for diagnosis of tuberculosis (TB). Absolute quantification of the concentrations of signature transcripts in blood have not been reported, but would facilitate diagnostic test development. To identify minimal transcript signatures, we applied a transcript selection procedure to microarray data from African adults comprising 536 patients with TB, other diseases (OD) and latent TB (LTBI), divided into training and test sets. Signatures were further investigated using reverse transcriptase (RT)—digital PCR (dPCR). A four-transcript signature (GBP6, TMCC1, PRDM1, and ARG1) measured using RT-dPCR distinguished TB patients from those with OD (area under the curve (AUC) 93.8% (CI95% 82.2–100%). A three-transcript signature (FCGR1A, ZNF296, and C1QB) differentiated TB from LTBI (AUC 97.3%, CI95%: 93.3–100%), regardless of HIV. These signatures have been validated across platforms and across samples offering strong, quantitative support for their use as diagnostic biomarkers for TB.
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