HyPR-MS for Multiplexed Discovery of MALAT1, NEAT1, and NORAD lncRNA Protein Interactomes.
HyPR-MS for Multiplexed Discovery of MALAT1, NEAT1, and NORAD lncRNA Protein Interactomes.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.8b00189
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发表时间：
2018-09-07
影响因子：
4.4
通讯作者：
Smith LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Spiniello M;Knoener RA;Steinbrink MI;Yang B;Cesnik AJ;Buxton KE;Scalf M;Jarrard DF;Smith LM
RNA-蛋白质相互作用是基因表达调控的组成部分。RNA具有不同的功能，并且单个RNA的蛋白质相互作用组在时间、空间和生理环境上变化。这些因素使得个体RNA-蛋白质相互作用组的全球获取成为一项重要的奋进。尽管已经报道了用于发现特定RNA的蛋白质相互作用组的技术，但它们在很大程度上是费力的、昂贵的，并且在单独的实验中单独完成。我们开发了HyPR-MS，用于在单个实验中发现和分析多个RNA的蛋白质相互作用组，同时还减少了设计时间并提高了效率。本文介绍了HyPR-MS在同时选择性分离lncRNAs MALAT 1、NEAT 1和NORAD相互作用组中的应用。我们的分析功能的蛋白质，可能有助于已知的和以前未发现的作用，每个lncRNA。该平台提供了一个强大的新的多路复用工具，用于高效和具有成本效益的特定RNA-蛋白质相互作用组的阐明。
RNA−protein interactions are integral to the regulation of gene expression. RNAs have diverse functions and the protein interactomes of individual RNAs vary temporally, spatially, and with physiological context. These factors make the global acquisition of individual RNA−protein interactomes an essential endeavor. Although techniques have been reported for discovery of the protein interactomes of specific RNAs they are largely laborious, costly, and accomplished singly in individual experiments. We developed HyPR-MS for the discovery and analysis of the protein interactomes of multiple RNAs in a single experiment while also reducing design time and improving efficiencies. Presented here is the application of HyPR-MS to simultaneously and selectively isolate the interactomes of lncRNAs MALAT1, NEAT1, and NORAD. Our analysis features the proteins that potentially contribute to both known and previously undiscovered roles of each lncRNA. This platform provides a powerful new multiplexing tool for the efficient and cost-effective elucidation of specific RNA−protein interactomes.
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