MitoFish and MiFish Pipeline: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Analysis Pipeline for Environmental DNA Metabarcoding.
MitoFish and MiFish Pipeline: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Analysis Pipeline for Environmental DNA Metabarcoding.
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DOI：
10.1093/molbev/msy074
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发表时间：
2018-06-01
影响因子：
10.7
通讯作者：
Iwasaki W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sato Y;Miya M;Fukunaga T;Sado T;Iwasaki W
鱼类线粒体基因组(有丝分裂组)数据是揭示脊椎动物进化和水圈生态学的基本依据。在这里，我们报告了MitoFish的最新功能更新，这是一个鱼类有丝分裂组的数据库，带有一个精确的注释管道MitoAnnotator。最重要的是，我们描述了用于鱼类线粒体环境DNA元生物编码分析的MiFish管道的实现，这是一项在鱼类研究中迅速崛起的强大技术。MitoFish、MitoAnnotator和MiFish管道是研究鱼类进化、生态和保护的关键平台，可以在http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/上免费获得(最后一次访问是在2018年4月7日)。
Fish mitochondrial genome (mitogenome) data form a fundamental basis for revealing vertebrate evolution and hydrosphere ecology. Here, we report recent functional updates of MitoFish, which is a database of fish mitogenomes with a precise annotation pipeline MitoAnnotator. Most importantly, we describe implementation of MiFish pipeline for metabarcoding analysis of fish mitochondrial environmental DNA, which is a fast-emerging and powerful technology in fish studies. MitoFish, MitoAnnotator, and MiFish pipeline constitute a key platform for studies of fish evolution, ecology, and conservation, and are freely available at http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/ (last accessed April 7th, 2018).
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影响因子：
3.5
作者：
Miya M;Sato Y;Fukunaga T;Sado T;Poulsen JY;Sato K;Minamoto T;Yamamoto S;Yamanaka H;Araki H;Kondoh M;Iwasaki W
通讯作者：
Iwasaki W
DOI：
10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x
发表时间：
2007-05-01
期刊：
Molecular ecology notes
影响因子：
--
作者：
Ratnasingham S;Hebert PD
通讯作者：
Hebert PD
影响因子：
10.7
作者：
Iwasaki W;Fukunaga T;Isagozawa R;Yamada K;Maeda Y;Satoh TP;Sado T;Mabuchi K;Takeshima H;Miya M;Nishida M
通讯作者：
Nishida M
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM
影响因子：
3
作者：
Cox MP;Peterson DA;Biggs PJ
通讯作者：
Biggs PJ