New tools and functions in data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj).
New tools and functions in data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj).
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DOI：
10.1002/pro.3273
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发表时间：
2018-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Nakamura H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kinjo AR;Bekker GJ;Wako H;Endo S;Tsuchiya Y;Sato H;Nishi H;Kinoshita K;Suzuki H;Kawabata T;Yokochi M;Iwata T;Kobayashi N;Fujiwara T;Kurisu G;Nakamura H
日本蛋白质数据库（Protein Data Bank Japan, PDBj）是世界蛋白质数据库（Protein Data Bank, wwPDB）的成员之一，负责接收和处理实验测定的生物大分子结构的沉积数据。除了与其他wwPDB合作伙伴一起归档PDB数据外，PDBj还提供了广泛的原创和独特的服务和工具，这些服务和工具将不断得到改进和更新。在这里，我们报告了新的RDB PDBj Mine 2， WebGL分子查看器Molmil，用于正常模式分析的ProMode‐Elastic服务器，用于eF‐site蛋白质静电分子表面的虚拟现实系统，用于分子形状相似性的Omokage搜索的扩展，以及PDBj和BMRB搜索的集成。
The Protein Data Bank Japan (PDBj), a member of the worldwide Protein Data Bank (wwPDB), accepts and processes the deposited data of experimentally determined biological macromolecular structures. In addition to archiving the PDB data in collaboration with the other wwPDB partners, PDBj also provides a wide range of original and unique services and tools, which are continuously improved and updated. Here, we report the new RDB PDBj Mine 2, the WebGL molecular viewer Molmil, the ProMode‐Elastic server for normal mode analysis, a virtual reality system for the eF‐site protein electrostatic molecular surfaces, the extensions of the Omokage search for molecular shape similarity, and the integration of PDBj and BMRB searches.
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影响因子：
6.8
作者：
Berman, Helen M.;Burley, Stephen K.;Kleywegt, Gerard J.;Markley, John L.;Nakamura, Haruki;Velankar, Sameer
通讯作者：
Velankar, Sameer
DOI：
10.1073/pnas.0802496105
发表时间：
2008-07-29
影响因子：
11.1
作者：
Dobbins, Sara E.;Lesk, Victor I.;Sternberg, Michael J. E.
通讯作者：
Sternberg, Michael J. E.
影响因子：
5.8
作者：
Kinoshita, K;Nakamura, H
通讯作者：
Nakamura, H
影响因子：
14.9
作者：
Kinjo AR;Suzuki H;Yamashita R;Ikegawa Y;Kudou T;Igarashi R;Kengaku Y;Cho H;Standley DM;Nakagawa A;Nakamura H
通讯作者：
Nakamura H
影响因子：
14.9
作者：
Ulrich EL;Akutsu H;Doreleijers JF;Harano Y;Ioannidis YE;Lin J;Livny M;Mading S;Maziuk D;Miller Z;Nakatani E;Schulte CF;Tolmie DE;Kent Wenger R;Yao H;Markley JL
通讯作者：
Markley JL