Ontobee: A linked ontology data server to support ontology term dereferencing, linkage, query and integration.
Ontobee: A linked ontology data server to support ontology term dereferencing, linkage, query and integration.
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DOI：
10.1093/nar/gkw918
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
He Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ong E;Xiang Z;Zhao B;Liu Y;Lin Y;Zheng J;Mungall C;Courtot M;Ruttenberg A;He Y
关联数据（LD）旨在通过使用统一资源标识符（uri）来表示实体，并使用资源描述框架（rdf）和HTTP来共享信息，从而实现数据的互联。本体是LD的基础，它在逻辑上表示特定领域中的实体和关系。Ontobee （http://www.ontobee.org/）是一个链接的本体数据服务器，使用RDF三重存储技术存储本体信息，支持本体术语的查询、可视化和链接。Ontobee也是Open Biological Ontology (OBO) Foundry （http://obofoundry.org）库中发布和浏览生物医学本体的默认链接数据服务器。Ontobee目前拥有超过180个本体（包括131个OBO Foundry Library本体），超过400万个术语。Ontobee提供了一个用户友好的web界面，用于查询和可视化特定本体术语的细节和层次结构。使用可扩展样式表语言转换（eXtensible Stylesheet Language Transformation， XSLT）技术，Ontobee能够解引用单个本体术语URI，然后输出RDF/可扩展标记语言（eXtensible Markup Language， XML）用于计算机处理，或者在web浏览器上为人类用户显示HTML信息。生成并显示Ontobee中列出的每个本体的统计信息和详细信息。此外，还提供了一个SPARQL web界面，用于自定义一个或多个本体的高级SPARQL查询。
Linked Data (LD) aims to achieve interconnected data by representing entities using Unified Resource Identifiers (URIs), and sharing information using Resource Description Frameworks (RDFs) and HTTP. Ontologies, which logically represent entities and relations in specific domains, are the basis of LD. Ontobee (http://www.ontobee.org/) is a linked ontology data server that stores ontology information using RDF triple store technology and supports query, visualization and linkage of ontology terms. Ontobee is also the default linked data server for publishing and browsing biomedical ontologies in the Open Biological Ontology (OBO) Foundry (http://obofoundry.org) library. Ontobee currently hosts more than 180 ontologies (including 131 OBO Foundry Library ontologies) with over four million terms. Ontobee provides a user-friendly web interface for querying and visualizing the details and hierarchy of a specific ontology term. Using the eXtensible Stylesheet Language Transformation (XSLT) technology, Ontobee is able to dereference a single ontology term URI, and then output RDF/eXtensible Markup Language (XML) for computer processing or display the HTML information on a web browser for human users. Statistics and detailed information are generated and displayed for each ontology listed in Ontobee. In addition, a SPARQL web interface is provided for custom advanced SPARQL queries of one or multiple ontologies.
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影响因子：
46.9
作者：
Smith, Barry;Ashburner, Michael;Lewis, Suzanna
通讯作者：
Lewis, Suzanna
DOI：
10.4018/jswis.2009081901
发表时间：
2009-01-01
影响因子：
3.2
作者：
Bizer, Christian;Heath, Tom;Berners-Lee, Tim
通讯作者：
Berners-Lee, Tim
影响因子：
5.8
作者：
Zheng, Jie;Xiang, Zuoshuang;He, Yongqun
通讯作者：
He, Yongqun
影响因子：
3
作者：
Salvadores, Manuel;Alexander, Paul R.;Noy, Natalya F.
通讯作者：
Noy, Natalya F.
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14.9
作者：
Cote, Richard G.;Jones, Philip;Hermjakob, Henning
通讯作者：
Hermjakob, Henning