Complete genome sequence of Enterococcus mundtii QU 25, an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium.
Complete genome sequence of Enterococcus mundtii QU 25, an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium.
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DOI：
10.1093/dnares/dsu003
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发表时间：
2014-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sonomoto K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shiwa Y;Yanase H;Hirose Y;Satomi S;Araya-Kojima T;Watanabe S;Zendo T;Chibazakura T;Shimizu-Kadota M;Yoshikawa H;Sonomoto K
蒙氏肠球菌QU 25是一种来源于绵羊粪便的非乳制品细菌菌株，可发酵纤维二糖和木糖以产生L-乳酸。该菌株的使用对于从可再生生物质底物经济地生产L-乳酸是高度期望的。基因组序列测定对于该菌株的遗传改良是必要的。我们报告了菌株QU 25的全基因组序列，主要是使用太平洋生物科学测序技术确定的。急诊mundtii QU 25基因组由3022 186 bp的单环状染色体（GC含量为38.6%）和5个环状质粒pQY 182、pQY 082、pQY 039、pQY 024和pQY 003组成。在QU 25号染色体中，总共预测了2900个蛋白质编码序列、63个tRNA基因和6个rRNA操纵子。质粒pQY 024含有用于产生蒙提星的基因。我们发现菌株QU 25产生细菌素，这表明质粒pQY 024上的mundticin编码基因是功能性的。对于乳酸发酵，两个基因簇被确定一个参与木糖的初始代谢和戊糖的摄取，第二个包含戊糖磷酸途径和相关糖的摄取的基因。这是第一个完整的E. mundtii菌株这些数据提供了对这种细菌的乳酸生产及其在肠球菌中的进化的见解。
Enterococcus mundtii QU 25, a non-dairy bacterial strain of ovine faecal origin, can ferment both cellobiose and xylose to produce l-lactic acid. The use of this strain is highly desirable for economical l-lactate production from renewable biomass substrates. Genome sequence determination is necessary for the genetic improvement of this strain. We report the complete genome sequence of strain QU 25, primarily determined using Pacific Biosciences sequencing technology. The E. mundtii QU 25 genome comprises a 3 022 186-bp single circular chromosome (GC content, 38.6%) and five circular plasmids: pQY182, pQY082, pQY039, pQY024, and pQY003. In all, 2900 protein-coding sequences, 63 tRNA genes, and 6 rRNA operons were predicted in the QU 25 chromosome. Plasmid pQY024 harbours genes for mundticin production. We found that strain QU 25 produces a bacteriocin, suggesting that mundticin-encoded genes on plasmid pQY024 were functional. For lactic acid fermentation, two gene clusters were identified—one involved in the initial metabolism of xylose and uptake of pentose and the second containing genes for the pentose phosphate pathway and uptake of related sugars. This is the first complete genome sequence of an E. mundtii strain. The data provide insights into lactate production in this bacterium and its evolution among enterococci.
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DOI：
10.1038/nrg2749
发表时间：
2010-03
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.1
作者：
Noguchi, Hideki;Taniguchi, Takeaki;Itoh, Takehiko
通讯作者：
Itoh, Takehiko
影响因子：
14.9
作者：
Grissa, Ibtissem;Vergnaud, Gilles;Pourcel, Christine
通讯作者：
Pourcel, Christine
影响因子：
5
作者：
Abdel-Rahman, Mohamed Ali;Tashiro, Yukihiro;Sonomoto, Kenji
通讯作者：
Sonomoto, Kenji
影响因子：
3.2
作者：
Goffin, P;Deghorain, M;Hols, P
通讯作者：
Hols, P