JSBML: a flexible Java library for working with SBML.
JSBML: a flexible Java library for working with SBML.
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JSBML：一个灵活的Java库，用于与SBML合作。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr361
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发表时间：
2011-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hucka M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dräger A;Rodriguez N;Dumousseau M;Dörr A;Wrzodek C;Le Novère N;Zell A;Hucka M
总结：系统生物学标记语言（SBML）的规范定义了在文本文件中存储和交换生物过程的计算机模型的标准。为了执行模型模拟、图形可视化和其他软件操作，需要SBML的内存表示。我们为此开发了JSBML。与以前的SBML API实现相比，JSBML是为Java™编程语言从头开始设计的，因此可以在Java编程环境支持的所有平台上使用。这为Java用户提供了重要的好处，包括将软件作为Java Web Start应用程序分发的能力。JSBML支持所有SBML级别和版本，直到第3级版本1，我们一直在努力保持与流行库libSBML的最高兼容性。JSBML还支持一些模块，这些模块可以促进最终用户应用程序的插件开发，并简化从基于libSBML的后端的迁移。可用性：JSBML的源代码、二进制文件和文档可以根据LGPL 2.1的条款从网站http://sbml.org/Software/JSBML免费获得。联系方式：jsbml-team@sbml.org补充信息：补充数据可从生物信息学在线网站获得。
Summary: The specifications of the Systems Biology Markup Language (SBML) define standards for storing and exchanging computer models of biological processes in text files. In order to perform model simulations, graphical visualizations and other software manipulations, an in-memory representation of SBML is required. We developed JSBML for this purpose. In contrast to prior implementations of SBML APIs, JSBML has been designed from the ground up for the Java™ programming language, and can therefore be used on all platforms supported by a Java Runtime Environment. This offers important benefits for Java users, including the ability to distribute software as Java Web Start applications. JSBML supports all SBML Levels and Versions through Level 3 Version 1, and we have strived to maintain the highest possible degree of compatibility with the popular library libSBML. JSBML also supports modules that can facilitate the development of plugins for end user applications, as well as ease migration from a libSBML-based backend. Availability: Source code, binaries and documentation for JSBML can be freely obtained under the terms of the LGPL 2.1 from the website http://sbml.org/Software/JSBML. Contact: jsbml-team@sbml.org Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
46.9
作者：
Le Novère, N;Finney, A;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
5.8
作者：
Holland, R. C. G.;Down, T. A.;Pocock, M.;Prlic, A.;Huen, D.;James, K.;Foisy, S.;Draeger, A.;Yates, A.;Heuer, M.;Schreiber, M. J.
通讯作者：
Schreiber, M. J.
影响因子：
5.8
作者：
Bornstein, Benjamin J.;Keating, Sarah M.;Hucka, Michael
通讯作者：
Hucka, Michael
影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J
影响因子：
--
作者：
Li C;Donizelli M;Rodriguez N;Dharuri H;Endler L;Chelliah V;Li L;He E;Henry A;Stefan MI;Snoep JL;Hucka M;Le Novère N;Laibe C
通讯作者：
Laibe C