Genome-wide transcriptome analysis of 150 cell samples.
Genome-wide transcriptome analysis of 150 cell samples.
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DOI：
10.1039/b814329c
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发表时间：
2009-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Toner M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Irimia D;Mindrinos M;Russom A;Xiao W;Wilhelmy J;Wang S;Heath JD;Kurn N;Tompkins RG;Davis RW;Toner M
分子生物学的一个主要挑战是在只有有限数量的生物样本可供分析的情况下，在全基因组范围内询问人类转录组。目前使用微阵列技术同时监测mRNA转录水平的方法需要纳克数量的总RNA。为了克服当前技术的样本量限制，我们开发了一种方法，可以在小到150个细胞的生物样品中探测全局基因表达，或相当于大约300 pg总RNA。新方法采用微流控装置从哺乳动物细胞中纯化总RNA和超灵敏全转录组扩增技术。我们通过分离过程验证了RNA的完整性，完成了高度可重复性的全转录组分析，并建立了150个细胞重复分离与相同细胞培养样品之间的高度相关性。我们通过证明微流控和扩增相结合的方案能够识别受刺激干扰的生物途径来验证该技术，这与在大量分离样品中识别的信息一致。
A major challenge in molecular biology is interrogating the human transcriptome on a genome wide scale when only a limited amount of biological sample is available for analysis. Current methodologies using microarray technologies for simultaneously monitoring mRNA transcription levels require nanogram amounts of total RNA. To overcome the sample size limitation of current technologies, we have developed a method to probe the global gene expression in biological samples as small as 150 cells, or the equivalent of approximately 300 pg total RNA. The new method employs microfluidic devices for the purification of total RNA from mammalian cells and ultra-sensitive whole transcriptome amplification techniques. We verified that the RNA integrity is preserved through the isolation process, accomplished highly reproducible whole transcriptome analysis, and established high correlation between repeated isolations of 150 cells and the same cell culture sample. We validated the technology by demonstrating that the combined microfluidic and amplification protocol is capable of identifying biological pathways perturbed by stimulation, which are consistent with the information recognized in bulk-isolated samples.
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DOI：
10.1073/pnas.011404098
发表时间：
2001-01-02
影响因子：
11.1
作者：
Li, C;Wong, WH
通讯作者：
Wong, WH
影响因子：
7.4
作者：
Bhattacharyya, A;Klapperich, CM
通讯作者：
Klapperich, CM
影响因子：
11.8
作者：
Chiang, MK;Melton, DA
通讯作者：
Melton, DA
影响因子：
64.8
作者：
Alizadeh, AA;Eisen, MB;Staudt, LM
通讯作者：
Staudt, LM
影响因子：
8
作者：
Leethanakul, C;Patel, V;Gutkind, JS
通讯作者：
Gutkind, JS