The UCSC Genome Browser Database: 2008 update.
The UCSC Genome Browser Database: 2008 update.
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DOI：
10.1093/nar/gkm966
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kent, W. J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karolchik, D.;Kuhn, R. M.;Baertsch, R.;Barber, G. P.;Clawson, H.;Diekhans, M.;Giardine, B.;Harte, R. A.;Hinrichs, A. S.;Hsu, F.;Kober, K. M.;Miller, W.;Pedersen, J. S.;Pohl, A.;Raney, B. J.;Rhead, B.;Rosenbloom, K. R.;Smith, K. E.;Stanke, M.;Thakkapallayil, A.;Trumbower, H.;Wang, T.;Zweig, A. S.;Haussler, D.;Kent, W. J.
位于圣克鲁斯的加州大学的基因组浏览器数据库（GBD）提供了大量脊椎动物和模式生物基因组的整合序列和注释数据。在过去的一年里，数据库中增加了17个新的集合，截至2007年9月，总共涵盖了19种脊椎动物和21种无脊椎动物。对于每个组装，GBD包含与基因组序列比对的注释数据的集合。今年新增的亮点包括28种基于人类的脊椎动物保护注释，增强的UCSC基因集，以及更多的人类变异，MGC和ENCODE数据。该数据库是优化的快速互动性能与一组基于网络的工具，可用于查看，操作，过滤和下载的注释数据。新的工具集功能包括用于显示全基因组数据集的Genome Graphs工具、会话保存和共享、更好的自定义跟踪管理、扩展的Genome Browser配置选项和Genome Browser wiki站点。可下载的GBD数据、配套的基因组浏览器工具集以及文档和相关信息的链接可以在http://genome.ucsc.edu/上找到。
The University of California, Santa Cruz, Genome Browser Database (GBD) provides integrated sequence and annotation data for a large collection of vertebrate and model organism genomes. Seventeen new assemblies have been added to the database in the past year, for a total coverage of 19 vertebrate and 21 invertebrate species as of September 2007. For each assembly, the GBD contains a collection of annotation data aligned to the genomic sequence. Highlights of this year's additions include a 28-species human-based vertebrate conservation annotation, an enhanced UCSC Genes set, and more human variation, MGC, and ENCODE data. The database is optimized for fast interactive performance with a set of web-based tools that may be used to view, manipulate, filter and download the annotation data. New toolset features include the Genome Graphs tool for displaying genome-wide data sets, session saving and sharing, better custom track management, expanded Genome Browser configuration options and a Genome Browser wiki site. The downloadable GBD data, the companion Genome Browser toolset and links to documentation and related information can be found at: http://genome.ucsc.edu/.
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