Enriched domain detector: a program for detection of wide genomic enrichment domains robust against local variations.
Enriched domain detector: a program for detection of wide genomic enrichment domains robust against local variations.
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DOI：
10.1093/nar/gku324
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发表时间：
2014-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Collas P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lund E;Oldenburg AR;Collas P
核纤层蛋白通过大结构域与核外围的基因组接触，并参与染色质组织。在迄今为止可用的宽峰识别算法中，没有一个适合在全基因组范围内绘制核纤层蛋白-基因组相互作用。我们公开了一种新颖的算法，即富集域检测器 (EDD)，用于分析染色质免疫沉淀 (ChIP)-seq 数据中的广泛富集域。 EDD 能够发现与广泛分布的蛋白质相互作用的基因组结构域，例如通过 ChIP 分离的 A 型和 B 型核纤层蛋白亲和力。与现有宽峰调用器相比，EDD 的优点是对域宽度的敏感性，而不是特定位点的富集强度，以及对局部变化的鲁棒性。
Nuclear lamins contact the genome at the nuclear periphery through large domains and are involved in chromatin organization. Among broad peak calling algorithms available to date, none are suited for mapping lamin–genome interactions genome wide. We disclose a novel algorithm, enriched domain detector (EDD), for analysis of broad enrichment domains from chromatin immunoprecipitation (ChIP)-seq data. EDD enables discovery of genomic domains interacting with broadly distributed proteins, such as A- and B-type lamins affinity isolated by ChIP. The advantages of EDD over existing broad peak callers are sensitivity to domain width rather than enrichment strength at a particular site, and robustness against local variations.
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影响因子：
16
作者：
Chandra, Tamir;Kirschner, Kristina;Thuret, Jean-Yves;Pope, Benjamin D.;Ryba, Tyrone;Newman, Scott;Ahmed, Kashif;Samarajiwa, Shamith A.;Salama, Rafik;Carroll, Thomas;Stark, Rory;Janky, Rekin's;Narita, Masako;Xue, Lixiang;Chicas, Agustin;Nunez, Sabrina;Janknecht, Ralf;Hayashi-Takanaka, Yoko;Wilson, Michael D.;Marshall, Aileen;Odom, Duncan T.;Babu, M. Madan;Bazett-Jones, David P.;Tavare, Simon;Edwards, Paul A. W.;Lowe, Scott W.;Kimura, Hiroshi;Gilbert, David M.;Narita, Masashi
通讯作者：
Narita, Masashi
影响因子：
3
作者：
Feng X;Grossman R;Stein L
通讯作者：
Stein L
影响因子：
7
作者：
Lund E;Oldenburg AR;Delbarre E;Freberg CT;Duband-Goulet I;Eskeland R;Buendia B;Collas P
通讯作者：
Collas P
影响因子：
64.8
作者：
Guelen, Lars;Pagie, Ludo;van Steensel, Bas
通讯作者：
van Steensel, Bas
影响因子：
1.8
作者：
Agresti, A;Coull, BA
通讯作者：
Coull, BA